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标题: 计算体系中Li离子周围聚合物配位数求助 [打印本页]

作者
Author: ccawy0215 时间: 2022-4-21 20:19
标题: 计算体系中Li离子周围聚合物配位数求助
想问一下，比如我要计算体系中Li离子周围聚合物配位数,Li和聚合物中的O有键合行为，聚合物中有10个O原子，那输入命令的时候是 -rel "name Li" -sel "resname 聚合物 and name O1 O2 O3 O4 O5 O6 O7 O8 O9 O10" 这样吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-22 02:38
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“GROMACS-计算配位数”改了，以后务必注意

如果你用gmx rdf算，是-ref而不是-rel。
选择语句的内容取决于你体系里原子名。如果想验证对不对，用gmx select产生对应选择语句的索引文件，看看序号便知。

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