计算化学公社

标题: Linux系统下利用Multiwfn进行盆分析时输出盆作为cube文件时出错 [打印本页]

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Author: 978142355 时间: 2016-3-24 09:09
标题: Linux系统下利用Multiwfn进行盆分析时输出盆作为cube文件时出错
如题，利用Multiwfn处理cube时，进行功能——Basin analysis，在进行-5——Export basins as cube file时出现错误（Segmentation fault core dumped)（PS：进行0可视化时，正常，找到了极值点,可以显示盆）。在linux（Fedora21和CentOS6.5都试过了）下出现图1的错误，而在windows下面运行则正常。我所用的Multiwfn已经是最新版本了，但在Linux系统下仍出现图1的问题。请问老师，这个错误是什么？
链接：http://pan.baidu.com/s/1nusgl5Z 密码：v15f 这个是计算cube的文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-24 23:46
最新的正式版3.3.8试过没？
或者下个3.3.9(dev)版源代码，自行在Linux下编译，然后运行看看

作者
Author: 978142355 时间: 2016-3-25 09:14
本帖最后由 978142355 于 2016-3-25 15:05 编辑

sobereva 发表于 2016-3-24 23:46
最新的正式版3.3.8试过没？
或者下个3.3.9(dev)版源代码，自行在Linux下编译，然后运行看看

出问题的那个就是3.3.8。我看您的3.3.9的源码文件的makefile文件中是ifort编译的，但是我的是gcc……………………

作者
Author: greatzdk 时间: 2016-3-25 13:56

978142355 发表于 2016-3-25 09:14
我看您的3.3.9的源码文件的makefile文件中是ifort编译的，但是我的是gcc……………………

这不是问题吧？
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... amp;highlight=intel

作者
Author: 978142355 时间: 2016-3-25 15:06

greatzdk 发表于 2016-3-25 13:56
这不是问题吧？
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=379&highlight=intel

哦，咱们的论坛有啊，不错，不错，谢谢提供信息。

作者
Author: 978142355 时间: 2016-3-28 20:46
本帖最后由 978142355 于 2016-4-4 08:17 编辑

sobereva 发表于 2016-3-24 23:46
最新的正式版3.3.8试过没？
或者下个3.3.9(dev)版源代码，自行在Linux下编译，然后运行看看

sob老师，编译了3.3.9了，不过依然是前面出现的问题。。。。。。。。。。。。。。。您看一看，您那头用这个文件做可以吗？

作者
Author: 978142355 时间: 2016-4-4 09:08

sobereva 发表于 2016-3-24 23:46
最新的正式版3.3.8试过没？
或者下个3.3.9(dev)版源代码，自行在Linux下编译，然后运行看看

老师，我使用了最新正式版的3.3.8以及你建议的3.3.9(dev)，但依然是这个问题，不知道这个问题究竟是出现在哪里。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-4 11:12
我这里没有这个问题，你可以先用H2O这样的小体系在low精度格点下看看能否导出
我把我的输出都拷到附件里了，你可以对照看看
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
如果没有按照手册2.1.2节设置内存的话先设一下

作者
Author: 978142355 时间: 2016-4-4 15:04

sobereva 发表于 2016-4-4 11:12
我这里没有这个问题，你可以先用H2O这样的小体系在low精度格点下看看能否导出
我把我的输出都拷到附件里了 ...

老师按照你的建议，我已经把内存设置到手册中的值了，而且也按照你的建议在low精度格点下弄了，不过依然是core dumped。老师我用的Linux系统是Fedora21，是不是跟操作系统有关呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-4 16:41

978142355 发表于 2016-4-4 15:04
老师按照你的建议，我已经把内存设置到手册中的值了，而且也按照你的建议在low精度格点下弄了，不过依然 ...

也许吧

作者
Author: 978142355 时间: 2016-4-4 18:23

sobereva 发表于 2016-4-4 16:41
也许吧

恩，对于Fedora21，老师的Multiwfn仅仅这一个功能出现Core Dumped，其它的都是非常的好的，谢谢老师耐心的讲解和答疑。

作者
Author: 978142355 时间: 2016-4-11 20:44

sobereva 发表于 2016-4-4 16:41
也许吧

老师再次打扰一下，Linux基本所有的版本都被我试了一遍，都是这个问题。现在我想最后试一下小红帽的系统，但是遇到如图的问题，我知道缺少那个库，百度谷歌都被我翻了一遍都没找到，假期的时候也咨询过老师如何修改yum源的问题，但是也以失败告终，所以请问老师有没有libxcb-xlib.so.0()(64bit) ？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-11 23:04

978142355 发表于 2016-4-11 20:44
老师再次打扰一下，Linux基本所有的版本都被我试了一遍，都是这个问题。现在我想最后试一下小红帽的系统 ...

RHEL系统为什么装suse的包？
只要RHEL在安装时候把库都选全了，就不会有那个问题。

作者
Author: 978142355 时间: 2016-4-12 08:51

sobereva 发表于 2016-4-11 23:04
RHEL系统为什么装suse的包？
只要RHEL在安装时候把库都选全了，就不会有那个问题。

谢谢老师，上一个版本安装完suse给忘了，Multiwfn安装成功了。不过在最后计算-5的功能时，依旧是Segmentation fault（core dumped），仅仅这个-5功能不好使，所有我能装的系统我都已经试过了，我可绝对保证文件是没问题的，因为在windows下-5功能没问题，我有些弄不明白，为什么老师的好使而我的不好使，是不是我还是忘了安装什么东西？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-12 12:23

978142355 发表于 2016-4-12 08:51
谢谢老师，上一个版本安装完suse给忘了，Multiwfn安装成功了。不过在最后计算-5的功能时，依旧是Segmenta ...

你把你的Multiwfn输入文件，完整的操作步骤（最好把屏幕上的输出也都拷到文本文件里附上）都打包发上来我再看看

作者
Author: 978142355 时间: 2016-4-12 16:06
本帖最后由 978142355 于 2016-4-12 16:34 编辑

sobereva 发表于 2016-4-12 12:23
你把你的Multiwfn输入文件，完整的操作步骤（最好把屏幕上的输出也都拷到文本文件里附上）都打包发上来我 ...

辛苦老师了，过程图片里是我在linux和windows下分别截图做的，同一文件，linux下有问题，而windows正常。输入文件由于有些大，放在百度云里了。
链接：http://pan.baidu.com/s/1sl7TzQX 密码：3hn6

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-12 23:50

978142355 发表于 2016-4-12 16:06
辛苦老师了，过程图片里是我在linux和windows下分别截图做的，同一文件，linux下有问题，而windows正常。 ...

我也没办法，用你的输入文件、你的操作步骤，我这里一点问题没有。
你也可以尝试把basinana.f90里的173行开始的段落以不同方式改写，反复尝试。那个部分是选项-5输出cube文件的。

作者
Author: 978142355 时间: 2016-4-13 20:25

sobereva 发表于 2016-4-12 23:50
我也没办法，用你的输入文件、你的操作步骤，我这里一点问题没有。
你也可以尝试把basinana.f90里的173 ...

恩，老师费心了，不知道是不是在虚拟机中跑不动造成的，我把电脑安上redhat最后再试一试，不行只能在windows下进行了。

作者
Author: 978142355 时间: 2016-4-14 21:13

sobereva 发表于 2016-4-12 23:50
我也没办法，用你的输入文件、你的操作步骤，我这里一点问题没有。
你也可以尝试把basinana.f90里的173 ...

报告老师，我在电脑上安装上了redhat系统，对于小的*.cub，运行成功了，但是对于大的文件（约100MB）则运行就会出现那个core dumped，这说明是文件大小的问题了，但是大的文件出现这个问题是怎么回事，是不是我内存或是硬盘大小设置的不对？（PS：配置的时候都是按照老师的手册中默认进行的，我的home分区是250G）。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-14 21:59

978142355 发表于 2016-4-14 21:13
报告老师，我在电脑上安装上了redhat系统，对于小的*.cub，运行成功了，但是对于大的文件（约100MB）则运 ...

和硬盘无关。主要是内存，如果内存实际剩余空间足够大，kernel.shmmax设得也足够大，那就也没什么其它导致这个问题的原因了。

作者
Author: 978142355 时间: 2016-4-14 22:21

sobereva 发表于 2016-4-14 21:59
和硬盘无关。主要是内存，如果内存实际剩余空间足够大，kernel.shmmax设得也足够大，那就也没什么其它导 ...

roger，好，我知道了，我明天按照老师的思路再弄一下，希望能好使

，谢谢老师。

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