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标题: 已解决：amber14处理非标准氨基酸残基出现报错 [打印本页]

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Author: fuchg 时间: 2022-4-22 19:52
标题: 已解决：amber14处理非标准氨基酸残基出现报错
本帖最后由 fuchg 于 2022-4-25 09:46 编辑

各位老师，在我的体系中有MSE（SelenoMethionine）和SEP（PhosphoSerine）这两个非标准氨基酸残基，我按照教程中的方法准备对这两个非标准氨基酸进行处理（教程链接如下：http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/index.htm），但是在第一步时却出现如下错误： (, 下载次数 Times of downloads: 0) 我的输入命令如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 7)
请问各位老师，这种情况是什么原因引起的呢？该如何解决呢？

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Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-4-22 21:23
我用从pdb数据库下载MSE.cif后可以正常运行。
你的cif文件可能在window系统下编辑过，文本文件格式和Linux系统下不太一样，所以读取的时候出错。
用以下命令转换以下可能可以解决问题：

dos2unix MSE.cif

复制代码

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Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-4-22 21:23
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-4-22 21:27 编辑

（抱歉，网络卡了，发出了两条相同的）
我用从pdb数据库下载MSE.cif后可以正常运行。
你的cif文件可能在window系统下编辑过，文本文件格式和Linux系统下不太一样，所以读取的时候出错。
用以下命令转换以下可能可以解决问题：

dos2unix MSE.cif

复制代码

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Author: fuchg 时间: 2022-4-22 21:27

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-22 21:23
（抱歉，网络卡了，发出了两条相同的）
我用从pdb数据库下载MSE.cif后可以正常运行。
你的cif文件可能在w ...

好哒，我试一下，谢谢

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Author: fuchg 时间: 2022-4-22 21:28

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-22 21:23
（抱歉，网络卡了，发出了两条相同的）
我用从pdb数据库下载MSE.cif后可以正常运行。
你的cif文件可能在w ...

解决啦，谢谢大佬

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