计算化学公社

标题: 分子动力学模拟酶和底物的环境的考虑问题 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-4-23 17:09
标题: 分子动力学模拟酶和底物的环境的考虑问题
请问各位老师，在分子动力学模拟酶和底物的体系时，溶液环境需不需要加一定浓度的的离子（比如NaCl）。我看很多的文献基本都没提在体系里加除了抗衡离子以外的其他离子。而且通过我的模拟来看，有些时候模拟较为真实的细胞内液环境得到的结果比纯水环境模拟得到的结果要差一些（比如催化三联体相关氨基酸形成的氢键长度）。各位老师在模拟的过程中对环境是如何设置的呢？是纯水，还是真实细胞内液环境呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-23 20:29
追求严格、稳妥一些可以用生理盐浓度环境

只不过对于大多数情况，和抗衡离子正好能中和盒子净电荷情况的结果没有显著差异

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-4-24 09:04

sobereva 发表于 2022-4-23 20:29
追求严格、稳妥一些可以用生理盐浓度环境

只不过对于大多数情况，和抗衡离子正好能中和盒子净电荷情况的 ...

明白了，谢谢社长的回复！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)