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标题: 求助ligpargen识别ms建模的pdb文件报错 [打印本页]

作者
Author: chaochao 时间: 2022-4-25 21:03
标题: 求助ligpargen识别ms建模的pdb文件报错
我采用ms建立了CO2、H2O和CO2水合物的模型，打算用gromacs模拟CO2水合物的生成情况，先用ligpargen获取相应得top文件，发现总是无法得到，后面上传CO2、H2O的pdb或则mol文件，ligpargen都会出现下面这种错误，刚刚入门软件，还不太懂，请不吝赐教。
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: 牧生 时间: 2022-4-25 22:03
本帖最后由牧生于 2022-4-25 22:09 编辑

和我当初一样的傻，看我以前的帖子，如有任何疑问，均可在这里面找到答案或者解决思路

http://bbs.keinsci.com/thread-21676-2-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-21545-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-24689-1-1.html

做CO2水合物，体系十分简单，完全不用ligpargen
使用这篇文献的cif为晶种  10.3390/ma9090777
再使用Multiwfn调整晶种原子顺序，再用Multiwfn扩展为2X2X2的超胞
然后用MS建立CO2和H2O的pdb文件，下一步packmol要用    （CO2的itp文件，论坛里有，sob直接给出过答案）
用packmol 建立从左到右依次为水（368个）和CO2（自己决定个数，我用的64个）的混合物------晶种------水（368）和CO2（自己决定个数，我用的64个）的混合物的体系
然后编写top文件，你可以直接抄我的作业（我是直接把opls力场复制到当前目录的）

#include "forcefield.itp"
#include "spc.itp"
#include "CO2.itp"

[ system ]
CO2

[ molecules ]
; Compound       nmols
SOL       368
CO2       64
SOL       46    （之所以重复出现这么多次SOL 和CO2，是因为扩胞，我也懒得去搭理，反正只要能跑得起来就行）
CO2       8
SOL       46
CO2       8
SOL       46
CO2       8
SOL       46
CO2       8
SOL       46
CO2       8
SOL       46
CO2       8
SOL       46
CO2       8
SOL       46
CO2       8
SOL       368
CO2       64

能量极小化以后，将三点水转为四点水，然后水改为TIP4P/ICE模型，手动把四点水模型的gro文件中的总原子数量改成加了虚拟点的总数

gmx editconf 该gro文件，理顺编号

再能量极小化，再低温高压NPT

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-26 07:26
CO2、H2O都有专门现成的力场，显然不该用ligpargen等通用工具产生拓扑文件。专一性力场的准确度比通用参数强得多

作者
Author: chaochao 时间: 2022-4-26 09:31

牧生发表于 2022-4-25 22:03
和我当初一样的傻，看我以前的帖子，如有任何疑问，均可在这里面找到答案或者解决思路

http://bbs.keins ...

感谢你的解答，我认真学习一下，刚入门真是啥也不懂，很谢谢指点

作者
Author: chaochao 时间: 2022-4-26 15:47

牧生发表于 2022-4-25 22:03
和我当初一样的傻，看我以前的帖子，如有任何疑问，均可在这里面找到答案或者解决思路

http://bbs.keins ...

牧生同学，你好，你昨天的解答上午我有认真看了，我和你有个不同的地方，我是直接用ms建立好的368个水和64个CO2（和你一样）的混合物------2×2×2的CO2水合物超晶胞------368个水和64个CO2的混合物的体系，想研究CO2水合物的生成特性，这种情况下，经你以及其他人的指点，我明白需要将CO2的itp include到top文件下，除此以外，我想咨询你一下：我这种已经搭建好的反应模型的pdb（ms导出），如何去修改pdb文件里面的原子顺序等一些信息呢，此外，我不太明白，pdb文件都是要修改哪些地方才可以满足后续gromacs处理的要求呀（不知道我描述的是否清楚，就是我不太明白由ms导出的pdb文件都需要修改什么地方才可以呀），可能问题十分基础，希望能得到你的回答。[url=]HYDRATE.pdb[/url]

作者
Author: 牧生 时间: 2022-4-26 16:57

chaochao 发表于 2022-4-26 15:47
牧生同学，你好，你昨天的解答上午我有认真看了，我和你有个不同的地方，我是直接用ms建立好的368个水和6 ...

用ms建立一个盒子，再导出为pdb，用gromacs去模拟，这种做法是不正规的。
packmol花十秒钟就能建立好盒子，而且各种对应关系都很明确，这才是正规操作。

作者
Author: chaochao 时间: 2022-4-26 17:05
本帖最后由 chaochao 于 2022-4-26 17:06 编辑

牧生发表于 2022-4-26 16:57
用ms建立一个盒子，再导出为pdb，用gromacs去模拟，这种做法是不正规的。
packmol花十秒钟就能建立好盒 ...

哦哦，好的，那我只用ms建立2×2×2的水合物超晶胞或则一个晶胞可以吗，后面再用packmol建立后面的反应模型。但是我还是不知道要修改晶胞pdb文件里面的什么信息，我有把我建立的一个CO2水合物晶胞按照你之前的帖子，用multiwfn调整，但是结果好像不太一样，这是我ms导出的一个晶胞的pdb文件信息

作者
Author: 牧生 时间: 2022-4-26 21:33

chaochao 发表于 2022-4-26 17:05
哦哦，好的，那我只用ms建立2×2×2的水合物超晶胞或则一个晶胞可以吗，后面再用packmol建立后面的反应模 ...

仔细读第6楼的回复。

Multiwfn简直不能太好用，MS不能更非主流。

作者
Author: chaochao 时间: 2022-4-26 21:53

牧生发表于 2022-4-26 21:33
仔细读第6楼的回复。

Multiwfn简直不能太好用，MS不能更非主流。

好的，多谢，我清楚了

作者
Author: chaochao 时间: 2022-4-30 16:24

chaochao 发表于 2022-4-26 21:53
好的，多谢，我清楚了

链接：https://pan.baidu.com/s/1u5KG780N3f-NQCQjTqyPhA
提取码：mz2e
短消息发送达到上线了，我回复在这里了，麻烦你了，感谢

作者
Author: chaochao 时间: 2022-4-30 16:28

牧生发表于 2022-4-26 21:33
仔细读第6楼的回复。

Multiwfn简直不能太好用，MS不能更非主流。

链接：https://pan.baidu.com/s/1u5KG780N3f-NQCQjTqyPhA
提取码：mz2e
短消息发送达到上线了，我回复在这里了，麻烦你了，感谢

作者
Author: 筛石灰 时间: 2022-12-22 14:26

sobereva 发表于 2022-4-26 07:26
CO2、H2O都有专门现成的力场，显然不该用ligpargen等通用工具产生拓扑文件。专一性力场的准确度比通用参数 ...

老师您好，请问可以在那里找MS能用的CO2等气体的模型，比如二氧化碳的epm2模型，甲烷的opls-aa模型该怎么构建啊，我在网上没搜到相关的文件，不知道能不能在Ms里面直接构建

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-23 21:50

筛石灰发表于 2022-12-22 14:26
老师您好，请问可以在那里找MS能用的CO2等气体的模型，比如二氧化碳的epm2模型，甲烷的opls-aa模型该怎么 ...

就甭想着用M$了，纯粹是走弯路
GROMACS又免费又快一个数量级以上（考虑GPU加速快两个数量级）还灵活百倍

作者
Author: 筛石灰 时间: 2022-12-24 19:28

sobereva 发表于 2022-12-23 21:50
就甭想着用M$了，纯粹是走弯路
GROMACS又免费又快一个数量级以上（考虑GPU加速快两个数量级）还灵活百倍

谢谢老师指点

作者
Author: faylovesnow 时间: 2022-12-30 18:44

牧生发表于 2022-4-26 16:57
用ms建立一个盒子，再导出为pdb，用gromacs去模拟，这种做法是不正规的。
packmol花十秒钟就能建立好盒 ...

现在想建立油水岩石三相模型，若想用gromacs模拟的话，能简单介绍下如何建模并得到itp文件吗?谢谢

作者
Author: 牧生 时间: 2022-12-30 20:49

faylovesnow 发表于 2022-12-30 18:44
现在想建立油水岩石三相模型，若想用gromacs模拟的话，能简单介绍下如何建模并得到itp文件吗?谢谢

http://sobereva.com/soft/Sobtop

傻瓜操作

作者
Author: gromacs666 时间: 2023-2-10 09:19

sobereva 发表于 2022-4-26 07:26
CO2、H2O都有专门现成的力场，显然不该用ligpargen等通用工具产生拓扑文件。专一性力场的准确度比通用参数 ...

老师，你好，新手小白，想问一下，这些专门的力场文件在哪找

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-10 23:54

gromacs666 发表于 2023-2-10 09:19
老师，你好，新手小白，想问一下，这些专门的力场文件在哪找

搜相关体系计算的文献，都会说明参数的出处。自己把参数写进拓扑文件就完了

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