计算化学公社

标题: GROMACS使用核数跟多的服务器跑得反而更慢 [打印本页]

作者
Author: yjb 时间: 2022-4-25 21:53
标题: GROMACS使用核数跟多的服务器跑得反而更慢
使用相同版本的GROMACS2018.8，跑相同体系的2000个原子的纯蛋白体系MD（隐式溶剂）。
(, 下载次数 Times of downloads: 11) (, 下载次数 Times of downloads: 10) (, 下载次数 Times of downloads: 22) (, 下载次数 Times of downloads: 11)

上面四张图，左边是36核跑的，右边是56核跑的。结果速度差很多，不知道究竟是什么原因造成的，请各位老师指导，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-26 07:30
发帖时候把图片理顺顺序，恰当位置加上说明，帖子排版乱七八糟，给别人理解造成极大困难

GROMACS的隐式溶剂模型做得不怎么样，并行化可能也做得比较糟糕，而且支持的计算有效Born半径的方法较少、较老。基本上没人拿GROMACS跑GB模型下的MD。AMBER的GB模型做得比GROMACS强得多，速度快得多，而且还支持GPU加速。

作者
Author: yjb 时间: 2022-4-26 07:34

sobereva 发表于 2022-4-26 07:30
发帖时候把图片理顺顺序，恰当位置加上说明，帖子排版乱七八糟，给别人理解造成极大困难

GROMACS的隐式 ...

好的老师，谢谢老师。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)