计算化学公社

标题: gromacs模拟刚性石墨烯问题 [打印本页]

作者
Author: qmlearner 时间: 2022-4-26 16:29
标题: gromacs模拟刚性石墨烯问题
大家好，我用gromacs模拟刚性的石墨烯，力场是oplsaa，通过x2top生成拓扑文件。为了让石墨烯是刚性，二面角势垒设置了很大的值，比如10000。
但是能量最小化之后，发现当二面角势垒很大时，石墨烯就碎了（图1）。试着调整势垒值，当600以下时，石墨烯不再是破碎的状态，但显示出很大的柔性。
因为我是想让石墨烯板作为accelerate或者是pull的一个着力板，希望它是刚性的（文献中看大家也是将它作为刚性板处理）。

请教一下，gromacs中，改什么参数可以把石墨烯弄成刚性板呢？非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-27 06:00
尝试加上improper项维持平面性

x2top没法产生improper项，而sobtop可以
http://sobereva.com/soft/Sobtop

作者
Author: qmlearner 时间: 2022-4-27 16:49

sobereva 发表于 2022-4-27 06:00
尝试加上improper项维持平面性

x2top没法产生improper项，而sobtop可以

谢谢卢老师，我去尝试一下：）

作者
Author: AixTian 时间: 2023-5-31 15:37
我想问一下您最后是怎么解决这个问题？

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-6-1 12:54
本帖最后由 slxc920113 于 2023-6-1 12:56 编辑

明显是因为没有加improper二面角，无法保持平面结构，用AuToFF的碳材料模块（https://cloud.hzwtech.com/web/pe ... -ff/carbon-material）可以很方便地帮你创建石墨烯结构，以及生成正确的力场参数。

作者
Author: qmlearner 时间: 2023-6-2 11:33

AixTian 发表于 2023-5-31 15:37
我想问一下您最后是怎么解决这个问题？

用sobtop产生improper项

作者
Author: qmlearner 时间: 2023-6-2 11:34

slxc920113 发表于 2023-6-1 12:54
明显是因为没有加improper二面角，无法保持平面结构，用AuToFF的碳材料模块（https://cloud.hzwtech.com/we ...

是的，没有improper项，等以后尝试下您说的这个模块：))

作者
Author: 姜酱将 时间: 2023-11-25 20:22

qmlearner 发表于 2023-6-2 11:33
用sobtop产生improper项

请问improper项这一块的后面的势垒参数也要修改吗？还是说添加了这一项就行

作者
Author: zdworld 时间: 2023-11-26 01:28

姜酱将发表于 2023-11-25 20:22
请问improper项这一块的后面的势垒参数也要修改吗？还是说添加了这一项就行

肯定得加上参数啊，不过能维持平面就可以了。

作者
Author: zhujiabao 时间: 2024-2-28 13:54
能否直接冻结以解决问题？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)