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标题: Docker方案, CP2K 全自动安装 | 完全免费只需等待 [打印本页]

作者
Author: abin 时间: 2022-4-26 19:37
标题: Docker方案, CP2K 全自动安装 | 完全免费只需等待
以下介绍的是官方推荐的方案.

使用Docker Hub官方镜像
使用官方构建好的镜像, 直接执行: (需要网络)

docker pull cp2k/cp2k:latest # cp2k v10.0-dev
docker pull cp2k/cp2k:9.1 # cp2k v9.1

复制代码

会有漫长的等待....如果出现错误, 请检查网络.

Docker安装以及如何使用docker, 请自行学习. 比如看这个教程, https://docs.docker.com/get-docker/.

自己构建Docker镜像

git clone --recursive https://github.com/cp2k/cp2k.git cp2k

复制代码

cd cp2k/tools/docker

复制代码

docker build -f Dockerfile.prod_psmp --build-arg GIT_COMMIT_SHA=$(git rev-parse HEAD) -t cp2k_prod_psmp ../../

复制代码

不同版本, Dockerfile名称不同, 自己举一反三作修改...

会有漫长的等待. 如果出现错误, 请检查网络, 或者咨询开发者.

运行计算

docker run --shm-size=1g -ti -v "$(pwd)":/mnt cp2k_prod_psmp mpiexec -genv OMP_NUM_THREADS=2 -np 16 cp2k dbcsr.inp

复制代码

以上示例来自官方.
我理解的意思, 是启用16个cp2k.psmp进程, 每一个进程占用200%CPU.

应该是, 你的输入文件在哪里, 你就在哪里运行如上指令, 开启计算.

如有任何疑问, 请查阅官方文档或者咨询开发者.

我只是把官方的说明, 用白话文讲了一遍.

至于官方的Dockerfile都支持啥, 自己打开cp2k/tools/docker/Dockerfile.prod_psmp看看就行了.
修改完全可以的.
修改完了, 自己在docker build就可以了.

完毕.

另, 网络不太稳定的小伙伴, 就不要轻易折腾了. . . 非常耗时的.
建议租用一个4c8g的阿里云/腾讯云香港V*S再搞吧.
便宜的V*S不让跑docker build的....

作者
Author: nianbin 时间: 2022-6-9 14:23
本帖最后由 nianbin 于 2022-6-9 14:25 编辑

error: RPC failed; curl 56 OpenSSL SSL_read: SSL_ERROR_SYSCALL, errno 104
fatal: early EOF
fatal: fetch-pack: invalid index-pack output
fatal: clone of 'https://github.com/cp2k/dbcsr' into submodule path '/root/software/cp2k-9.1/tools/toolchain/cp2k/exts/dbcsr' failed
Failed to clone 'exts/dbcsr' a second time, aborting

请问执行git clone --recursive https://github.com/cp2k/cp2k.git cp2k出现这个错误是啥情况呀应该如何解决

作者
Author: abin 时间: 2022-6-9 14:36

nianbin 发表于 2022-6-9 14:23
error: RPC failed; curl 56 OpenSSL SSL_read: SSL_ERROR_SYSCALL, errno 104
fatal: early EOF
fatal: ...

仔细阅读并理解一楼最后一段文字。

作者
Author: nianbin 时间: 2022-6-10 09:00
应该不是网络的问题

作者
Author: abin 时间: 2022-6-10 11:02

nianbin 发表于 2022-6-10 09:00
应该不是网络的问题

你可以找你认为的更专业的技术论坛,
问问, 运行 git clone XXXX
结果看到SSL_ERROR之类的错误, 怎么解决?

另, GitHub现在东家是微软, 你也可以咨询微软技术支持呀, 如果你愿意付费的话.

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