计算化学公社

标题: 关于Packmol构建后的盒子直接运行提示没有分子 [打印本页]

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Author: 杨天奇 时间: 2022-4-26 23:47
标题: 关于Packmol构建后的盒子直接运行提示没有分子
本帖最后由杨天奇于 2022-4-26 23:47 编辑

大家好，最近刚开始学分子动力学模拟，想请教一下各位老师和同学，我的体系是1mol/L LiPF6溶于碳酸乙烯酯【EC】和碳酸甲乙酯【EMC】按体积比1:3混合的电解液体系，我按照网上计算分子个数的方法和Sob老师在的packmol构建盒子的教程构造了5*5*5 nm^3的一个盒子，盒子看起来挺正常的，然后得到的pdb文件通过gmx editconf -f name.pdb -o name.gro命令转换成gro文件，然后通过gmx pdb2gmx -ignh -f EE13V.pdb -p EE13V.top -o EE13V.gro命令得到top文件，力场选的是OPLS/AA，之后使用Sob老师在sobtop帖子里面使用的测试文件和测试命令【gmx grompp -f md.mdp -c EE13V.gro -p EE13V.top -o md.tpr】命令时提示错误，提示没有分子，想请问一下大家是哪里出现了问题啊

我应该怎么去修改呀下面是我的文件 .

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Author: 杨天奇 时间: 2022-4-26 23:49
盒子PDB文件和GRO文件传不上来截了图大家帮忙看看

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Author: 杨天奇 时间: 2022-4-27 00:41
好像知道了是因为pockmol构建完的缺了拓扑信息嘛

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Author: sobereva 时间: 2022-4-27 05:28

杨天奇发表于 2022-4-26 23:49
盒子PDB文件和GRO文件传不上来截了图大家帮忙看看

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
不可能上传不了。较大文本型文件上传前先压缩，置顶的新社员必读贴里明确说了

记住packmol怎么拼
packmol是建模程序，和拓扑文件毫无直接关系
你这种体系的拓扑文件的创建根本和pdb2gmx毫无联系

你的top文件几乎什么都没有，这都看不出来问题的话说明严重缺乏GROMACS使用的最基本常识，需要从头系统性好好完整学学，比如参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）

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Author: 杨天奇 时间: 2022-4-27 10:55

sobereva 发表于 2022-4-27 05:28
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

感谢sob老师的回复我再尝试一下😄

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Author: 杨天奇 时间: 2022-4-28 18:42
sob老师好我这两天又按照教程重新用packmol搭建了电解液体系的盒子并用sobtop生成了所有分子和离子的拓扑文件然后手写了top文件生成能量最小化的文件进行能量最小化 gmx正常工作了能量最小化结束后用gmx energy -f em.edr -o potential.xvg看了一下势能显示能量一直是0 potential.xvg文件打开能量也是从头到尾都是0 想问问老师是哪里出了问题需要进行调整呢下面是我的文件和图片

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