计算化学公社

标题: 请问该如何限制CP2K的内存呢？ [打印本页]

作者
Author: 玉米猫 时间: 2022-4-27 00:09
标题: 请问该如何限制CP2K的内存呢？
各位老师好，我最近遇到一个问题。CP2K提交任务后，全部CPU都满负荷工作，计算很顺利，但随着运行，可用内存逐渐减小，最后kswapd进程启动，CPU负荷急剧下降，速度变得很慢（每步迭代从10s增加到了500s），但是没有出现报错。通过查找资料，发现可能是IntelMPI的问题，有人换了MPI后重新编译使问题得到了解决。我想问一下各位老师，有没有通过更改输入文件的方式来限制CP2K内存使用从而解决这个问题的方法呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-27 05:33
CP2K输入文件里没法设置
不一定是Intel MPI的问题，可能本来任务中途就是占用内存大，当然怀疑的话也可以改用OpenMPI试试

作者
Author: abin 时间: 2022-4-27 10:11
如果是cp2k 7.1
搭配intel2018u4u5，
可以规避内存爆浆的问题。
注意，是采用intel工具链编译所有组件。

其他版本未知。

如果使用其他版本编译器，
请勿使用xHost -O3，
要使用value safe之类的优化，比如-O2 之类。

作者
Author: m1racle 时间: 2025-12-8 00:39

sobereva 发表于 2022-4-27 05:33
CP2K输入文件里没法设置
不一定是Intel MPI的问题，可能本来任务中途就是占用内存大，当然怀疑的话也可以 ...

老师好，我今天遇到了同样的问题，我使用的是VM虚拟机，rocky9.7，24G内存，20核，cp2k-2025.2,我的解决办法是export OMP_NUM_THREADS=4（小一点），原先是16出现的问题，降为8会多跑几个，然后我调成4就跑完了，虽然说我不清楚原理是什么，并且这个数调小后不会显著增加计算时间，想问一下原理是什么，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-8 01:14

m1racle 发表于 2025-12-8 00:39
老师好，我今天遇到了同样的问题，我使用的是VM虚拟机，rocky9.7，24G内存，20核，cp2k-2025.2,我的解决 ...

需要交代物理核心数、总物理内存、CP2K的版本（psmp或ssmp等）、当前MPI并行进程数、副本数、跑的任务

作者
Author: m1racle 时间: 2025-12-8 15:35

sobereva 发表于 2025-12-8 01:14
需要交代物理核心数、总物理内存、CP2K的版本（psmp或ssmp等）、当前MPI并行进程数、副本数、跑的任务

物理核心20，物理内存32g，cp2k-2025.2(ssmp),抱歉不太懂当前MPI进程数和副本数怎么查看（任务已经结束了）。做的MOF的opt，使用Multiwfn生成的输入文件，选择的是晶胞尺寸不变的优化结构，其他均未修改，基组手动修改的DZVP-MOLOPT-SR-GTH

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-12-8 15:58
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-12-8 16:02 编辑

m1racle 发表于 2025-12-8 15:35
物理核心20，物理内存32g，cp2k-2025.2(ssmp),抱歉不太懂当前MPI进程数和副本数怎么查看（任务已经结束了 ...

几何优化任务是单个副本的（不像CI-NEB、振动分析等任务那样分多个副本），而ssmp版本来就是单MPI进程、纯粹OpenMP多线程并行的。这个ssmp版是官方预编译的还是自己在虚拟机内编译的，如果是后者的话那用了什么编译器和MPI来编译？MOF有多少原子、盒子尺寸多大？

20个物理核心、32 G物理内存是宿主机的全部配置，还是VMware里分配给虚拟机的部分？在虚拟机的linux系统里从 lscpu 指令输出找Thread(s) per core和Core(s) per socket，以及从 free -h 指令输出找total列Mem行，可以确认虚拟机实际识别到的部分（而能分配给CP2K计算的不能超过这些上限）。

（编辑：另外，这该不会是Intel大小核的笔记本吧，可以讲讲CPU型号）

作者
Author: m1racle 时间: 2025-12-8 16:51

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-12-8 15:58
几何优化任务是单个副本的（不像CI-NEB、振动分析等任务那样分多个副本），而ssmp版本来就是单MPI进程、 ...

cp2k安装和编译方式完全按照sob老师的博文（http://sobereva.com/586）安装编译（toolchain）的，单个晶胞424个原子，盒子和晶胞同大小。
20个物理核心和32G是宿主机配置，虚拟机配置为20核，24GB内存，cpu是AMD AI 365

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