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标题: 求助：金属-溶液界面平衡相分层 [打印本页]

作者
Author: Aristotler 时间: 2022-4-27 10:41
标题: 求助：金属-溶液界面平衡相分层
各位老师同学大家好。我在研究金属锌-电解液界面结构性质。主要是模仿sob老师的Au-H2O的计算方法，但如图所示，在模拟平衡相时，出现金属锌和电解液一端分层现象。详细eq.mdp文件如下：我想请问：
（1）是否将金属Zn放置在电解液中间这一模型不正确，Zn板的厚度是否有什么讲究？是否需要将Zn板独立放到一边？因为后续我要分析电解液界面和体相的结构差别，想咨询大家如何合理建模。
（2）eq.mdp文件中我冻结了Zn plate. 是因为如果不冻结Zn atoms 体系会崩溃，但sob老师Au_water 案例中没有冻结，但结果没有崩溃。想请问其原因。谢谢大家，请指导 eq.mdp文件：
define =
integrator = md
dt       = 0.002  ; ps
nsteps    = 50000 ; 0.1 ns
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 500
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
annealing = single single
annealing_npoints = 2 2
annealing_time = 0 100 0 100
annealing_temp = 0 298.15 0 298.15
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.2
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.2
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2 0.2
tc_grps = SOL non-water
ref_t = 298.15 298.15
;
Pcoupl    = Berendsen
pcoupltype = semiisotropic
tau_p = 0.5
ref_p = 1.0 1.0
compressibility = 4.5e-5 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  = Zn0
freezedim = Y Y Y
constraints = hbonds

另附Zn_atom.itp:
[ moleculetype ]
; molname nrexcl
Zn0       1

[ atoms ]
; id at type res nr  residu name at name  cg nr  charge mass
1    Zn0 1    Zn0       Zn0    1    0.0       65.39

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-27 12:23
Zn在中间没问题
freeze别和控压一起用
本来也没必要freeze，参数和模型合理的情况下，Zn板能自发维持其结构。如果崩了，说明有内在问题，不要靠freeze来逃避

作者
Author: Aristotler 时间: 2022-4-27 12:31

sobereva 发表于 2022-4-27 12:23
Zn在中间没问题
freeze别和控压一起用
本来也没必要freeze，参数和模型合理的情况下，Zn板能自发维持其结 ...

老师好，在没有freeze的时候，Zn板散掉了。不知道是什么原因：我猜测，是因为在amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp内置的力场中没有Zn原子的参数，于是我将其加入到forcefield.itp和atomtypes.atp中。是否是该步骤有问题呢
Zn.itp:
[ moleculetype ]
; molname nrexcl
Zn0       1

[ atoms ]
; id at type res nr  residu name at name  cg nr  charge mass
1    Zn0 1    Zn0       Zn0    1    0.0       65.39

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-28 05:11

Aristotler 发表于 2022-4-27 12:31
老师好，在没有freeze的时候，Zn板散掉了。不知道是什么原因：我猜测，是因为在amber99sb-ildn.ff/forcef ...

你得专门新定义Zn单质的原子类型，并在[atomtypes]里专门添加对于这种原子类型的LJ参数

作者
Author: Aristotler 时间: 2022-4-28 14:40

sobereva 发表于 2022-4-28 05:11
你得专门新定义Zn单质的原子类型，并在[atomtypes]里专门添加对于这种原子类型的LJ参数

明白，谢谢卢老师

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2022-4-30 21:47

Aristotler 发表于 2022-4-28 14:40
明白，谢谢卢老师

请问锌单质的参数是从哪儿获取的，能提供一下原文吗？之前找过一阵，一直没找到锌单质的LJ参数

作者
Author: hesr 时间: 2024-12-14 17:11

Aristotler 发表于 2022-4-28 14:40
明白，谢谢卢老师

你好，请问是否可以教一下我这个，我的微信Dipole15或者15017930973，求教

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