计算化学公社

标题: ASE生成的轨迹VMD能读取吗 [打印本页]

作者
Author: cuihongqiang 时间: 2022-4-27 21:13
标题: ASE生成的轨迹VMD能读取吗
ASE生成的轨迹VMD能读取吗

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-4-27 22:37
对于大部分共同支持的格式都是没问题的。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-28 06:01
诸如xyz这种常见的轨迹格式显然VMD能读取

作者
Author: ghifi37 时间: 2022-4-28 08:39
ASE直接生成traj文件，可以转换为xyz

作者
Author: cuihongqiang 时间: 2022-4-28 10:52

ghifi37 发表于 2022-4-28 08:39
ASE直接生成traj文件，可以转换为xyz

想问下怎么转化，官网找到write_xyz，但没成功写出

作者
Author: ghifi37 时间: 2022-4-28 11:38

cuihongqiang 发表于 2022-4-28 10:52
想问下怎么转化，官网找到write_xyz，但没成功写出

遍历traj中的结构，都写到同一个xyz文件中即可

作者
Author: cuihongqiang 时间: 2022-4-28 13:55

ghifi37 发表于 2022-4-28 11:38
遍历traj中的结构，都写到同一个xyz文件中即可

输入文件
import ase
import ase.io
import ase.optimize
import ase.md.velocitydistribution
import ase.md.verlet
import os
from neurochem_calculator import NeuroChem, path, calc
from ase.io.trajectory import Trajectory
from ase.io.trajectory import TrajectoryReader
from ase.io import trajectory
from ase.io import xyz
import pickle
a=TrajectoryReader('benzene.traj')
write('./benzene.xyz',a)
输出错误
Traceback (most recent call last):
  File "traj.py", line 13, in <module>
a=TrajectoryReader('benzene.traj')
  File "/home/cuihongqiang/.local/lib/python3.6/site-packages/ase/io/trajectory.py", line 225, in __init__
self._open(filename)
  File "/home/cuihongqiang/.local/lib/python3.6/site-packages/ase/io/trajectory.py", line 235, in _open
self.backend = ulm.open(filename, 'r')
  File "/home/cuihongqiang/.local/lib/python3.6/site-packages/ase/io/ulm.py", line 156, in open
return Reader(filename, index or 0)
  File "/home/cuihongqiang/.local/lib/python3.6/site-packages/ase/io/ulm.py", line 484, in __init__
self._offsets) = read_header(fd)
  File "/home/cuihongqiang/.local/lib/python3.6/site-packages/ase/io/ulm.py", line 458, in read_header
raise InvalidULMFileError('This is not an ULM formatted file.')
ase.io.ulm.InvalidULMFileError: This is not an ULM formatted file.
请问这个是什么问题

作者
Author: ghifi37 时间: 2022-4-28 21:35

cuihongqiang 发表于 2022-4-28 13:55
输入文件
import ase
import ase.io

试试：
from ase.io.trajectory import Trajectory
traj = Trajectory(trajfile, mode = 'r')
for i in traj:
i.write(filename, append=True)

作者
Author: cuihongqiang 时间: 2022-5-6 21:50

ghifi37 发表于 2022-4-28 21:35
试试：
from ase.io.trajectory import Trajectory
traj = Trajectory(trajfile, mode = 'r')

谢谢，好久没上线了，问题之前已经解决了，莫名其妙的解决了，我都不记得加的啥设置了

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