计算化学公社

标题: 求助：vmd看gromacs轨迹动画出现键变得很长是什么原因？ [打印本页]

作者
Author: yee 时间: 2022-4-28 11:24
标题: 求助：vmd看gromacs轨迹动画出现键变得很长是什么原因？
我采用sobtop例子1啜泣 (sobereva.com)生成的拓扑文件在gromacs进行nvt后，将轨迹文件xtc和gro放入vmd中查看动画出现下面的现象，请问什么原因？

作者
Author: PESPES 时间: 2022-4-28 17:42
vmd默认键是连接的吧，键可以直接删掉，或者用VDW模型

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-29 09:28
如果是化学键逐渐拉长，说明力场参数不合理，或者拓扑文件字段有问题

仔细照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8找原因

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