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标题: 立体选择性的体系NCI图分析求助 [打印本页]

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-4-28 20:21
标题: 立体选择性的体系NCI图分析求助
老师，您好！对有立体选择性的体系（包括C,H,O,N,P,S,Ni，110个原子)，经过能量分解分析得到决定手性的主要弱相互作用，然后对决定手性的两个过渡态做了NCI分析如下图，其中S是优势构型，请问图中红色圆圈圈住的范围中黄绿色的部分属于扭曲形变能还是一种相斥的相互作用？扭曲形变能中包括相斥的弱相互作用吗？？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-29 09:11
怎么解释必须看当前用的色彩刻度条，否则别人都不知道这部分区域sign(lambda2)rho是多少
如果黄绿色部分的rho是在零点零零几a.u.的程度，就当做范德华吸引，算不上位阻作用

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-4-29 15:38
本帖最后由 wangxiaofeng 于 2022-4-29 16:17 编辑

sobereva 发表于 2022-4-29 09:11
怎么解释必须看当前用的色彩刻度条，否则别人都不知道这部分区域sign(lambda2)rho是多少
如果黄绿色部分的 ...

老师，您好，0.008已经很接近0.01了，请问还算是弱相互作用吗？相互作用中包含相斥的弱相互作用吗？相斥的相互作用属于空间位阻吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-30 07:36

wangxiaofeng 发表于 2022-4-29 15:38
老师，您好，0.008已经很接近0.01了，请问还算是弱相互作用吗？相互作用中包含相斥的弱相互作用吗？相斥 ...

显然是弱相互作用
常规方式做的RDG本来就只能展现弱相互作用，若要同时展现强相互作用应当用IRI
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

显然包含，颜色明显偏红的就是位阻作用

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-4-30 10:57

sobereva 发表于 2022-4-30 07:36
显然是弱相互作用
常规方式做的RDG本来就只能展现弱相互作用，若要同时展现强相互作用应当用IRI
使用IR ...

老师，您好！所以相斥的弱相互作用是不属于空间位阻的，对吗？可是对于我这个体系S是优势构型，0.008属于弱相互作用的话，显然是R构型中弱相互作用比较强，与能量分解结果相反，这种情况该怎么办呢？IRI也做过，只是结果和NCI一样都会的到与结论相反的结果。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-1 15:18

wangxiaofeng 发表于 2022-4-30 10:57
老师，您好！所以相斥的弱相互作用是不属于空间位阻的，对吗？可是对于我这个体系S是优势构型，0.008属于 ...

属于啊
空间位阻可强可弱

当前涉及到一大堆弱相互作用，两个结构的相互作用差异明显不止一处，而且RDG等值面的大小和相互作用强度也没有严格相关性，并不容易光从RDG图的对比上说清楚

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-5-2 15:14
本帖最后由 wangxiaofeng 于 2022-5-3 21:42 编辑

sobereva 发表于 2022-5-1 15:18
属于啊
空间位阻可强可弱

请问老师，RDG应该结合什么方法才能清楚的说明弱相互作用问题呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-3 11:33

wangxiaofeng 发表于 2022-5-2 15:14
请问老师，RGD应该结合什么方法才能清楚的说明弱相互作用问题呢？

是RDG

你这两个结构差异涉及一大片原子，相对能量受一堆原子间相互作用影响，这种情况基本没有任何方法能说清楚

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-5-3 21:42

sobereva 发表于 2022-5-3 11:33
是RDG

你这两个结构差异涉及一大片原子，相对能量受一堆原子间相互作用影响，这种情况基本没有任何方 ...

好的，谢谢老师！

作者
Author: influenza 时间: 2022-5-12 07:22
请问楼主，你的这个图是用什么处理出来的？我用vmd发现碳原子都变成了亮青色，显得有点喧宾夺主，还是这种图里的灰色好一些。个人觉得。

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-5-14 09:56

influenza 发表于 2022-5-12 07:22
请问楼主，你的这个图是用什么处理出来的？我用vmd发现碳原子都变成了亮青色，显得有点喧宾夺主，还是这种 ...

把碳元素的颜色改成silver就可以了

作者
Author: influenza 时间: 2022-5-16 14:42

wangxiaofeng 发表于 2022-5-14 09:56
把碳元素的颜色改成silver就可以了

谢谢！！

作者
Author: chunhui201 时间: 2025-2-19 15:15

wangxiaofeng 发表于 2022-4-29 15:38
老师，您好，0.008已经很接近0.01了，请问还算是弱相互作用吗？相互作用中包含相斥的弱相互作用吗？相斥 ...

请问你这个标尺是怎么做出来的，那里有

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