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标题: gmx如何提取每一帧的动态选区 [打印本页]

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Author: 退休老干部 时间: 2022-4-28 22:37
标题: gmx如何提取每一帧的动态选区
我通过gmx select命令统计每一帧距离Mg离子3埃以内的水分子的个数，我现在需要把满足水分子个数为4的帧批量提取出来（每一帧只有我的体系，Mg离子和距离Mg离子4埃的水，这是一个随时间变化的动态选区）。请问各位老师，这该如何操作？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-4-28 22:41
可能只能逐帧提取保存成一系列pdb文件，因为轨迹文件(如xtc,trr等)的格式一般要求每一帧的原子数都相同。

作者
Author: 退休老干部 时间: 2022-4-28 22:48

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-28 22:41
可能只能逐帧提取保存成一系列pdb文件，因为轨迹文件(如xtc,trr等)的格式一般要求每一帧的原子数都相同。

那也是可以的，只需要提高坐标信息就可以，但我好像没有在手册上找到类似的命令

作者
Author: 退休老干部 时间: 2022-4-28 23:13

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-28 22:41
可能只能逐帧提取保存成一系列pdb文件，因为轨迹文件(如xtc,trr等)的格式一般要求每一帧的原子数都相同。

你的意思是只能逐帧分析吗？而不能指定一个选区，然后逐帧提取

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-4-28 23:26

退休老干部发表于 2022-4-28 23:13
你的意思是只能逐帧分析吗？而不能指定一个选区，然后逐帧提取

提取的原子需要用ndx文件中的group来指定，如果要提取不同的原子就要选ndx文件中不同的group。
gmx select 的-nx选项可以用来输出一个ndx文件，里面包含每一帧被选中的group，用这个ndx可以逐帧提取。
gmx select 的ofpdb选项可以用来输出pdb，但是只有一帧，具体的输出方式见手册。

作者
Author: 退休老干部 时间: 2022-4-28 23:37

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-28 23:26
提取的原子需要用ndx文件中的group来指定，如果要提取不同的原子就要选ndx文件中不同的group。
gmx sele ...

应该是-on吧而不是-nx，这样的话也太费时间了，我有200多帧，得搞到啥时候。。。。

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Author: sobereva 时间: 2022-4-29 09:05
不知道你到底想提取什么，是得到满足要求的帧号，还是满足要求的帧的结构文件，还是满足结构的帧里面的原子序号。要把问题说清楚

不管什么情况，都可以很容易地通过VMD tcl脚本实现。循环各帧，根据恰当选择语句选中的区域的原子数，判断是否输出帧号或者导出此帧坐标为结构文件

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Author: 退休老干部 时间: 2022-4-29 10:19
本帖最后由退休老干部于 2022-4-29 10:24 编辑

sobereva 发表于 2022-4-29 09:05
不知道你到底想提取什么，是得到满足要求的帧号，还是满足要求的帧的结构文件，还是满足结构的帧里面的原子 ...

我是需要提取满足要求的帧的结构文件(每一帧不再是固定的原子数，而是一个划定了的动态选区）。我去研究一下VMD tcl脚本,谢谢老师！

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