标题: 请问在平衡动力学中，为什么会出现如下错误？ [打印本页] 作者Author: hechangqing 时间: 2022-4-29 19:41 标题: 请问在平衡动力学中，为什么会出现如下错误？ 各位老师好，我的体系是甲苯-水-表面活性剂体系，表面活性剂溶解在水中，油水都是5*5*8nm，packmol建模。然后通过gromacs的命令行，将z方向添加真空层，扩展成30~40nm。xyz周期性体系。
GAFF+Hessian，用sobtop产生的拓扑文件。
能量最小化之后，做平衡动力学mdrun时候，出现如下报错：
Fatal error:
There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type consisting of 15 atoms. The longest distance involved in such interactions is 9.570 nm which is above half the box length. Either you have excessively large distances between atoms in bonded interactions or your system is exploding.