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标题: 看了Sob老师写的MD平衡判定一文后对H2在MOF孔里的模拟产生的疑惑 [打印本页]

作者
Author: 小congcong 时间: 2022-4-29 22:48
标题: 看了Sob老师写的MD平衡判定一文后对H2在MOF孔里的模拟产生的疑惑
各位社友大家好，我用CP2K跑了一个AIMD任务,NVE系综，温度设定为298.15K，在MOF的盒子里放了15个氢气分子，想看一下它们在MOF孔里的的扩散率以及运动轨迹，MOF做了超胞处理后是1288个原子，步长设置为1fs,总时间10ps,其实我不太确定自己体系的总时间设置为多少合适，所以就去看了Sob老师写的如何判断MD是否平衡一文http://sobereva.com/627，看完后依然感觉困惑，因为觉得我的体系不属于任何一个例子。大概跑了700多步的时候，我把ener文件提取出来用ORIGIN画了个图，发现貌似也有稳定的趋势，不知道对于我这样的体系应该以什么作为判定平衡的依据呢？

作者
Author: 丁越 时间: 2022-4-29 23:42
1. 你这种体系很容易到达温度和势能的平衡，但是要研究扩散行为得跑更久，30~40ps，看轨迹具体判断吧
2. 你的MOF扩胞原子数太多了，白白浪费算力，况且你只放了十几个H2

作者
Author: 小congcong 时间: 2022-4-30 14:52

丁越发表于 2022-4-29 23:42
1. 你这种体系很容易到达温度和势能的平衡，但是要研究扩散行为得跑更久，30~40ps，看轨迹具体判断吧
2. ...

好的，非常感谢老师

作者
Author: 小congcong 时间: 2022-5-27 15:51

丁越发表于 2022-4-29 23:42
1. 你这种体系很容易到达温度和势能的平衡，但是要研究扩散行为得跑更久，30~40ps，看轨迹具体判断吧
2. ...

您好，想请教一下您这里的所说的根据轨迹来判断具体是指什么呢？

作者
Author: gromacser 时间: 2022-6-19 20:10
请问H2、CO2这些分子的全原子力场文件都是怎么得到的啊，用LigParGen老是报错，一直生成不了。

作者
Author: adong 时间: 2022-6-20 00:17

gromacser 发表于 2022-6-19 20:10
请问H2、CO2这些分子的全原子力场文件都是怎么得到的啊，用LigParGen老是报错，一直生成不了。

楼主用的AIMD，不需要用力场。CO2的力场可以搜索框里面搜索，sob老师之前分享过

作者
Author: gromacser 时间: 2022-6-20 12:02
本帖最后由 gromacser 于 2022-6-20 12:03 编辑

adong 发表于 2022-6-20 00:17
楼主用的AIMD，不需要用力场。CO2的力场可以搜索框里面搜索，sob老师之前分享过

也不行

E:\OneDrive\桌面\1655697387138.jpg

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-4 03:30

小congcong 发表于 2022-5-27 15:51
您好，想请教一下您这里的所说的根据轨迹来判断具体是指什么呢？

参考
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-4 03:31

gromacser 发表于 2022-6-19 20:10
请问H2、CO2这些分子的全原子力场文件都是怎么得到的啊，用LigParGen老是报错，一直生成不了。

H2、CO2这些重要的极小的分子都有专门适合的力场，诸如TraPPE，不要试图用《几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具》（http://sobereva.com/266）里介绍的sobtop、ligpargen、ATB之类的通用产生拓扑文件的程序搞，否则就算产生出来，也会被内行审稿人批评，因为明明有更好的专一性的力场可用。

作者
Author: gromacser 时间: 2022-8-7 16:38

sobereva 发表于 2022-7-4 03:31
H2、CO2这些重要的极小的分子都有专门适合的力场，诸如TraPPE，不要试图用《几种生成有机分子GROMACS拓扑 ...

谢谢Sob老师

作者
Author: gromacser 时间: 2022-8-7 16:39

adong 发表于 2022-6-20 00:17
楼主用的AIMD，不需要用力场。CO2的力场可以搜索框里面搜索，sob老师之前分享过

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