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标题: 使用gromacs模拟纳米管/Li离子/电解质碳酸盐体系问题求教 [打印本页]

作者
Author: 飒飒萨达 时间: 2022-4-30 12:00
标题: 使用gromacs模拟纳米管/Li离子/电解质碳酸盐体系问题求教
老师们好，本人最近在自学想做这么一个体系，纳米管在碳酸盐电解质中和Li离子得一些性质观察，但因为没做过这种体系，对于过程以及力场有些不是很懂，想请教老师们几个问题

1.纳米管这个我已经做完了，想把纳米管用packmol扔到一个盒子当中，然后请问对于Li离子以及碳酸盐溶液也直接packmol这样放置进去吗，对于这个装体系的过程不是很懂，请老师们指导一下

2.我之前有做过GAFF力场得东西，但对于这个体系，想知道这三个不同东西力场该怎么解决呢，用什么力场比较合适呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-1 16:10
1 可以用packmol。另外也可以用gmx genion加入Li+，以及用gmx insert-molecules结合-replace选项插入碳酸根

2 都用GAFF。碳纳米管、碳酸根的拓扑文件都可以用sobtop产生基于GAFF的。Li+可以用AMBER力场自带的ions.itp里的

作者
Author: 飒飒萨达 时间: 2022-5-2 09:17
谢谢老师，帮大忙了，我马上去做

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