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标题: 求助gromacs 能量最小化时，小分子对穿盒子壁，导致小分子不完整问题 [打印本页]

作者
Author: watterson 时间: 2022-4-30 21:40
标题: 求助gromacs 能量最小化时，小分子对穿盒子壁，导致小分子不完整问题
【求助】gromacs 能量最小化时，小分子对穿盒子壁，导致小分子不完整问题
老师你们好，我想做一个SDS,TRIS环境里面的蛋白分子动力学模拟，小分子用ambertool 和 acpype 转换成了gro 并修改了 top 文件，到加离子这个步骤里面的小分子都是完整的，但是能量最小化之后会出现穿盒子的情况，一边进一边出。

我试着放大盒子，和减少分子，但是这个问题仍然会出现，很大的空间不占据，一定要穿盒子壁。

请问各位老师，这是什么原因导致的，我该怎么解决它。万分感谢！！！！！！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-1 16:13
把能量极小化过程每一帧都写到轨迹文件里，用VMD看能量极小化的轨迹搞清楚是怎么回事

作者
Author: watterson 时间: 2022-5-1 16:39

sobereva 发表于 2022-5-1 16:13
把能量极小化过程每一帧都写到轨迹文件里，用VMD看能量极小化的轨迹搞清楚是怎么回事

好的谢谢老师我去试试

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-1 18:30
也可以跑一个很短时间的NPT，然后再看这个NPT的轨迹。

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