计算化学公社

标题: 如何修改data文件以获取polymatic聚合时所需要的.lmps文件 [打印本页]

作者
Author: demenya 时间: 2022-5-1 09:03
标题: 如何修改data文件以获取polymatic聚合时所需要的.lmps文件
对于polymatic聚合需要的.lmps文件，是需要手动修改data文件添加连接原子相关的参数吗？手动修改的步骤大概是怎样的？我是直接对照着分子模型进行的修改，但运行时显示Error: Linker atons of both types do not exist in system.不知如何解决，还请各位老师多多指点。

作者
Author: hymn 时间: 2022-5-29 20:12
需要手动修改把没有的原子类型等添加进lmps文件中，types中的原子类型根据修改后的lmps写。
我是建了两个单体连接后的模型根据它的data文件中的参数添加到单体混合的lmps文件中

作者
Author: yyyyya 时间: 2024-2-5 20:19

hymn 发表于 2022-5-29 20:12
需要手动修改把没有的原子类型等添加进lmps文件中，types中的原子类型根据修改后的lmps写。
我是建了两个 ...

我想请问一下您是怎样建立了两个单体连接后的模型并且得到了data文件的呀这个过程用了哪些软件呢

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-2-6 16:04

yyyyya 发表于 2024-2-5 20:19
我想请问一下您是怎样建立了两个单体连接后的模型并且得到了data文件的呀这个过程用了哪些软件呢

你可以试试AuToFF的聚合物模块。

链接：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polymers

手册：https://autoff.readthedocs.io/en ... Guide.html#polymers

作者
Author: yyyyya 时间: 2024-2-6 17:53

slxc920113 发表于 2024-2-6 16:04
你可以试试AuToFF的聚合物模块。

链接：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polym ...

好的好的非常感谢

作者
Author: yyyyya 时间: 2024-2-6 18:12

slxc920113 发表于 2024-2-6 16:04
你可以试试AuToFF的聚合物模块。

链接：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/polym ...

我想请问一下 AutoFF导出的data文件前面coeffs的部分后面是没有注释原子类型的这样的话怎样得到Polymatic需要的type.txt文件呢只能是对照data文件后面拓扑结构的部分手改一个type.txt文件吗

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-2-6 22:26

yyyyya 发表于 2024-2-6 18:12
我想请问一下 AutoFF导出的data文件前面coeffs的部分后面是没有注释原子类型的这样的话怎样得到Polymat ...

Masses的字段加了原子类型的注释，顺序和Pair Coeffs是一致的

作者
Author: yyyyya 时间: 2024-2-7 09:32

slxc920113 发表于 2024-2-6 22:26
Masses的字段加了原子类型的注释，顺序和Pair Coeffs是一致的

但是bond coeff 、angle coeff这种是没有注释的呀，type.txt里面也要写这部分的类型吧那请问这部分是怎么得到呢

作者
Author: hymn 时间: 2024-3-7 15:37

yyyyya 发表于 2024-2-5 20:19
我想请问一下您是怎样建立了两个单体连接后的模型并且得到了data文件的呀这个过程用了哪些软件呢

用的MS构建施加cvff力场转换成lammps的data文件

作者
Author: yyyyya 时间: 2024-3-10 10:54

hymn 发表于 2024-3-7 15:37
用的MS构建施加cvff力场转换成lammps的data文件

这样的话我还有一个问题就是加cvff力场用MS导出后经常会有力场参数缺失的问题这个是要怎么解决呢

作者
Author: 喵喵喵# 时间: 2024-7-9 20:21

yyyyya 发表于 2024-3-10 10:54
这样的话我还有一个问题就是加cvff力场用MS导出后经常会有力场参数缺失的问题这个是要怎么解决呢

可以使用autoff修改力场，力场选择还是很多的~

作者
Author: 294459463 时间: 2025-3-31 21:18

yyyyya 发表于 2024-3-10 10:54
这样的话我还有一个问题就是加cvff力场用MS导出后经常会有力场参数缺失的问题这个是要怎么解决呢

您好，我想请问一下这个定义反应原子如何定义啊？我试着在ms中提前定义好，导出为pdb文件，但是转换为data文件后定义的信息全部都没了，您有什么建议吗？

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