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标题: 如何读懂gromacs中oplsaa力场ffbondtypes.itp中的原子名称和命名规则 [打印本页]

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Author: tangzi_via 时间: 2022-5-1 21:27
标题: 如何读懂gromacs中oplsaa力场ffbondtypes.itp中的原子名称和命名规则
各位大佬请问一下，在oplsaa力场的atp文件中，给出的原子类型opls_XXX（序号），从原子类型去找成键信息的bondtypes时，显示的链接关系是C*，C_2， C_3, CT_2, CM, C, C等等（如图1所示为ffbondtypes.itp），这些C原子是什么意思？命名规则是什么？或者有没有相关学习的网站可以分享一下的？我最终想达到的目的是我希望可以从一个itp文件中查询到ffbondtypes.itp里面的成键信息（比如键长和键刚度）。如图2所示，一个残基SER中的itp中的力场信息。希望各位朋友可以提供一点帮助，将不胜感激

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Author: sobereva 时间: 2022-5-2 11:06
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Author: tangzi_via 时间: 2022-5-2 16:14

sobereva 发表于 2022-5-2 11:06

感谢sob老师百忙之中的回复，老师请问一下这个bond_type中的C*，C_2， C_3, CT_2, CM, C, C这些是什么意思呢？

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Author: sobereva 时间: 2022-5-3 11:34

tangzi_via 发表于 2022-5-2 16:14
感谢sob老师百忙之中的回复，老师请问一下这个bond_type中的C*，C_2， C_3, CT_2, CM, C, C这些是什 ...

用于指认成键参数的原子类型

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