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标题: 定位的过渡态虚频小于20，如何确认过渡态的正确性？ [打印本页]

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Author: 柚子不开花 时间: 2022-5-2 05:31
标题: 定位的过渡态虚频小于20，如何确认过渡态的正确性？
各位老师好，我在搜索如下图所示，主体部分类似螺烯结构，从构象1(P,P),到构象2(P,M)过程中的过渡态。使用方法B3LYP/6-311G(d,p), 定位到的过渡态虚频仅-15.4，观察振动模式，是对应的振动模式。尝试跑IRC时，2步报错(尝试了LAQ，同时增大步长到30，依然只得到了两步)，未能得到完整的曲线。通过查阅文献和尝试算文献中的结构，据我所了解，这类螺烯结构，异构化的过渡态虚频都比较小，都在几十。请问各位老师，对于这种虚频很小，未能得到完整IRC时，应该如何确认过渡态的正确性了？如何通过过渡态优化得到对应的反应物和产物呢？希望得到各位前辈的指点。提前感谢您的任何建议。
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Author: sobereva 时间: 2022-5-2 10:36
当前情况明显不该用B3LYP而应当用B3LYP-D3(BJ)
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

虚频小不代表IRC就跑不出来
诸如下面这个6-螺烯手性变换过渡态虚频只有17波数，用IRC(maxpoints=100,calcfc,recalc=3,stepsize=50,LQA)能正常跑出来IRC
(, 下载次数 Times of downloads: 21)

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Author: mfdsrax2 时间: 2022-5-2 14:54

sobereva 发表于 2022-5-2 10:36
当前情况明显不该用B3LYP而应当用B3LYP-D3(BJ)
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当 ...

这个IRC怎么是左右对称的

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Author: ionexchangeC 时间: 2022-5-3 00:46

mfdsrax2 发表于 2022-5-2 14:54
这个IRC怎么是左右对称的

一对对映体的电子能量是相同的

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Author: xiayu1985 时间: 2022-5-4 09:30
最近我也遇到这样的问题，虚频太小会导致irc只跑几个点。网上查了一下，虚频小说明势能面比较平缓，导致irc比较容易自动停止计算。不知道对不对？irc的停止计算的判断目前没有调整条件的方式来让它多算几个点（只有修改stepsize等sob给出的方法）。http://sobereva.com/400

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Author: 柚子不开花 时间: 2022-5-4 16:51

sobereva 发表于 2022-5-2 10:36
当前情况明显不该用B3LYP而应当用B3LYP-D3(BJ)
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当 ...

非常感谢Sob老师的回复及示例。目前正在尝试加上D3校正去搜索过渡态，目前得到的结果有三个虚频，-24.5，-12.6及-5左右，尝试沿着虚频模式稍微调整结构，目前的尝试未能消除，依然在努力中，但是有了Sob老师的示例，我相信可以解决这个问题。再次感谢。

作者
Author: 柚子不开花 时间: 2022-5-4 16:56

xiayu1985 发表于 2022-5-4 09:30
最近我也遇到这样的问题，虚频太小会导致irc只跑几个点。网上查了一下，虚频小说明势能面比较平缓，导致irc ...

可以尝试一下Sob老师的关键词跑IRC，或者是不是也可以手动沿着振动模式调节结构，保存结构并优化，如果可以得到连接过渡态的反应物和产物，也能说明定位的过渡态是对的？

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Author: sobereva 时间: 2022-5-5 09:08

xiayu1985 发表于 2022-5-4 09:30
最近我也遇到这样的问题，虚频太小会导致irc只跑几个点。网上查了一下，虚频小说明势能面比较平缓，导致irc ...

Gaussian的IRC判断达到极小点附近的算法不是很科学，而且阅读其代码会发现用户也没有改的余地，这导致过渡态附近势能面很平缓的情况IRC任务提前停止的概率会相对较大一些，但也不是必然会跑不成功。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-5 09:10

柚子不开花发表于 2022-5-4 16:56
可以尝试一下Sob老师的关键词跑IRC，或者是不是也可以手动沿着振动模式调节结构，保存结构并优化，如果 ...

可以这样。并且优化时用较小的步长上限

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Author: mfdsrax2 时间: 2022-5-5 11:18
本帖最后由 mfdsrax2 于 2022-5-5 11:20 编辑

sobereva 发表于 2022-5-2 10:36
诸如下面这个6-螺烯手性变换过渡态虚频只有17波数，用IRC(maxpoints=100,calcfc,recalc=3,stepsize=50,LQA)能正常跑出来IRC

LQA下stepsize设置成20时IRC已经走样了，50的stepsize跑出来的已经偏离Euler Path很远了吧，这样的IRC有意义吗？

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Author: sobereva 时间: 2022-5-5 19:52

mfdsrax2 发表于 2022-5-5 11:18
LQA下stepsize设置成20时IRC已经走样了，50的stepsize跑出来的已经偏离Euler Path很远了吧，这样的IRC ...

取决于跑IRC的目的。如果只是验证过渡态，多糙都能接受
如果对质量有要求，加上calcall即便用挺大步长照样能比较光滑，而且此时用LQA的必要性本身也低得多

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