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标题: 求助：搜索构型初始优化用MOPAC或xtb有没有很大的差别 [打印本页]

作者
Author: kurohimx 时间: 2022-5-2 23:04
标题: 求助：搜索构型初始优化用MOPAC或xtb有没有很大的差别
1. 在初始优化这一步选用MOPAC或xtb区别大吗？我只有MOPAC一个程序，看现在好像xtb用的更多。如果是初始优化的话，应该用哪个程序都差不多吧。

2. 另外我看molclus的setting里xtb的调用方式应该是linux的，我这边只有windows的Gaussian09用来做最终优化，有没有能用windows版molclus调用xtb的方法？

3. 如果用MOPAC的话，半经验方法选哪个好？PM6-D3H4还是PM7？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-3 06:43
1 关键要说理论方法
诸如MOPAC里PM7比xtb里GFN0-xTB强得多，但能量计算整体没GFN2-xTB好，而在有机体系几何优化的精度上半斤八两
脱离理论方法、任务、体系说程序的精度、速度，则毫无意义

2 装个vmware虚拟机就完了，简单得很
在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示
http://sobereva.com/454（http://bbs.keinsci.com/thread-11806-1-1.html）

3 半斤八两。如果牵扯到弱相互作用能的精度问题，PM6-D3H4比PM7更好点。如果牵扯到卤键，应当用PM6-D3H4X

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-5-3 09:21

sobereva 发表于 2022-5-3 06:43
1 关键要说理论方法
诸如MOPAC里PM7比xtb里GFN0-xTB强得多，但能量计算整体没GFN2-xTB好，而在有机体系几 ...

不过用来评价配体/生物大分子结合能的时候PM6-D3H4/COSMO比GFN2-xTB/GBSA好一些也稳定一些

作者
Author: kurohimx 时间: 2022-5-3 16:43

sobereva 发表于 2022-5-3 06:43
1 关键要说理论方法
诸如MOPAC里PM7比xtb里GFN0-xTB强得多，但能量计算整体没GFN2-xTB好，而在有机体系几 ...

sob老师，我用GFN0-xTB、GFN2-xTB和PM6-D3H4分别对genmer生成的100个二聚体进行初始优化，发现结果区别很大。GFN2-xTB算出的能量最低感觉应该是最可信的，MOPAC算出的能量和别的都差了几个量级，是不是哪里出问题了？

作者
Author: chrinide 时间: 2022-5-3 16:47

kurohimx 发表于 2022-5-3 16:43
sob老师，我用GFN0-xTB、GFN2-xTB和PM6-D3H4分别对genmer生成的100个二聚体进行初始优化，发现结果区别很 ...

绝对能量不能直接对比

作者
Author: aaq2800 时间: 2022-5-4 07:18
对比能量没啥意义，不同的方法得到能量会差别很大，有意义是的不同方法得到结构是否一致

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-4 09:40

kurohimx 发表于 2022-5-3 16:43
sob老师，我用GFN0-xTB、GFN2-xTB和PM6-D3H4分别对genmer生成的100个二聚体进行初始优化，发现结果区别很 ...

只有不同构型相对能量有意义
PM6-D3H4方法给出来的能量物理意义是标况下生成焓，跟GFN-xTB给出来的没有可比性

作者
Author: kurohimx 时间: 2022-5-4 14:12
谢谢各位老师，我打算把这几种方法都用gaussian做最终优化对比一下最终结果的构型区别

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