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标题: 求助，有关gmx中向盒子中添加其他溶剂分子 [打印本页]

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2022-5-2 23:42
标题: 求助，有关gmx中向盒子中添加其他溶剂分子
老师好，我想请教一下，solvate命令中-cs怎么指定其他溶剂分子（如dmso），在创建溶剂体系结构文件的时候一般需要新建一个含多少个溶剂分子的盒子呢（是否是越多越好），同时盒子的尺寸一般多大？还有就是在npt模拟的时候，可否通过参考密度、压力、温度、势能观察体系是否达到平衡。谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-3 06:48
1 -cs后面跟上跑NPT得到的溶剂盒子的gro文件。你如果用这个命令对真空区加DMSO，就得自己先跑个纯DMSO的盒子，如同自带的spc216.gro那样。如果你的当前模拟目的本身就是跑个纯DMSO的盒子，可以用packmol之类建模。

2 看具体分子、具体问题，没法一概而论。可以参考相关文章，或者做个结果随盒子尺寸的收敛性测试确保盒子够大。

3 谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2022-5-3 15:42

sobereva 发表于 2022-5-3 06:48
1 -cs后面跟上跑NPT得到的溶剂盒子的gro文件。你如果用这个命令对真空区加DMSO，就得自己先跑个纯DMSO的盒 ...

好的，谢谢老师，如果我是对真空盒子中加dmso，先跑纯dmso的盒子，一般盒子中包含多少溶剂分子呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-4 09:39

5撇到3撇发表于 2022-5-3 15:42
好的，谢谢老师，如果我是对真空盒子中加dmso，先跑纯dmso的盒子，一般盒子中包含多少溶剂分子呢？

至少两三百个

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2022-5-4 10:26

sobereva 发表于 2022-5-4 09:39
至少两三百个

好的，谢谢老师

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