计算化学公社

标题: 关于计算真实配对碱基间氢键相互作用能的疑问 [打印本页]

作者
Author: kl19990215 时间: 2022-5-3 12:21
标题: 关于计算真实配对碱基间氢键相互作用能的疑问
请教各位同学老师，我需要计算核苷酸碱基之间氢键相互作用能，比如A-U配对。手上有真实的核苷酸配对（A-U）的构型，请问在计算相互作用能时，E（A-U）-E（A）-E（U）中

E（A-U）的计算需要对真实配对的核苷酸进行构型优化吗？
A（腺苷酸）、U（尿苷酸）的能量可以用从真实配对构型中剥离的分子来计算吗？如果可以是否还需要进行结构优化？
或者还是自己重新构建A（腺苷酸）和U（尿苷酸）的分子然后再优化再计算E（A）、E（U）呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-3 12:42
1 需要。但如果你希望得到DNA中的碱基之间的相互作用能，最好把边缘原子在优化中冻结

2 算复合物结构中的相互作用能不需要优化单体，算从无穷远接近形成复合物的结合能需要优化单体

实际上碱基对之间的相互作用能早就有大量文献做过高精度的计算，若无特殊原因，直接用文献里的值就完了，自己算没什么意义。

作者
Author: kl19990215 时间: 2022-5-3 12:56

sobereva 发表于 2022-5-3 12:42
1 需要。但如果你希望得到DNA中的碱基之间的相互作用能，最好把边缘原子在优化中冻结

2 算复合物结构中 ...

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