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标题: 求助，有关结合自由能计算的问题 [打印本页]

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2022-5-3 17:52
标题: 求助，有关结合自由能计算的问题
本帖最后由 5撇到3撇于 2022-5-3 17:58 编辑

各位老师好，最近一篇有关药物-蛋白相互作用的文章修回，这篇文章中我对最后10ns的轨迹计算的结合自由能（一共模拟了90ns，体系也都稳定），用的是mmpbsa方法，审稿人觉得模拟时间太短，这点时间不够,强烈建议我用1μs。同时，还建议最好用amber的Alchemical methods来计算结合自由能。想请教老师，是否有必要去补充1000ns的md，再算一个自由能呢？因为1000ns这个太长了，而且我插文献看到不少是用mmpbsa法来算结合自由能。谢谢！
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作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-3 19:47
MMPBSA跑那么长轨迹通常没必要
仔细看J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 69–82的测试

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2022-5-3 20:46

sobereva 发表于 2022-5-3 19:47
MMPBSA跑那么长轨迹通常没必要
仔细看J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 69–82的测试

谢谢老师，还想请教一下老师是否有必要再做一次炼金术法计算结合自由能呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-4 09:43

5撇到3撇发表于 2022-5-3 20:46
谢谢老师，还想请教一下老师是否有必要再做一次炼金术法计算结合自由能呢？

算得动、并且想有个相互检验的话可以做

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2022-5-4 10:29
本帖最后由 5撇到3撇于 2022-5-4 14:33 编辑

sobereva 发表于 2022-5-4 09:43
算得动、并且想有个相互检验的话可以做

好的谢谢老师，因为还没有摸索过炼金术法计算自由能，而且就给我10天，怕弄出错，所以很纠结。

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