计算化学公社

标题: 利用psi4进行能量分解报错 [打印本页]

作者
Author: wwangyt@tju.edu 时间: 2022-5-3 22:22
标题: 利用psi4进行能量分解报错
本人参考sob老师经验贴 http://sobereva.com/526 使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算，安装了PSI4程序，，并且成功重复出水-氨气二聚体的SAPT的计算过程。之后，再对自己的体系进行计算（见附件） (, 下载次数 Times of downloads: 6) ，却出现了"forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred"的报错信息。采用 ulimit -s unlimited命令将堆栈大小设置成无限制，仍然出现报错问题（附件）。请各位老师指教。感恩~

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-4 10:52
图片不要放到压缩包里，应当直接贴
照片不要直接试图传原图，极度浪费论坛空间。必须调整好图像尺寸、保存成质量恰当的jpg格式再贴图，不要超过600KB。这在置顶的社员必读贴里明确说了。

发图前必须通过图像处理软件如IrfanView、Photoshop等恰当设置图片像素，对jpg图像还应恰当设定压缩率，以避免文件过大，导致浪费宝贵的论坛空间、帖子加载缓慢。有较多色彩变化的图片建议使用jpg格式。目前论坛允许上传的图片格式为png、jpg、tiff、gif，图片最大尺寸限制为600KB（只要图片处理得当，这个限制足够保证图像能够清晰地显示出来）。

把内存改大再试，并且确认unlimit设置确实生效了（应说明当前是什么用户，root还是普通账户）

作者
Author: wwangyt@tju.edu 时间: 2022-5-4 16:04
谢谢老师的耐心回复，我当前是root账户，输入文件.inp 改到了32GB都不行，而且图片 (, 下载次数 Times of downloads: 10) 报错信息中实施 ulimit -s命令确认了堆栈大小是 unlimited,但是还是报同样的错误。附件中是我的输入 (, 下载次数 Times of downloads: 8) 和输出 (, 下载次数 Times of downloads: 4) 文件。再次麻烦老师百忙中帮学生解答，辛苦了。

作者
Author: Kalinite 时间: 2022-5-5 03:24
本帖最后由 Kalinite 于 2022-5-5 03:31 编辑

wwangyt@tju.edu 发表于 2022-5-4 16:04
谢谢老师的耐心回复，我当前是root账户，输入文件.inp 改到了32GB都不行，而且图片报错信息中实施 ulimit - ...

这个问题我以前在PSI4官方论坛问过类似的。将输入文件里的32GB改为32GiB，测试了一下可以正常结束。建议总是写GiB。
有些特别大的体系即使是加大内存也做不了，开发者回复：These large systems can have sometimes unexpected grows in matrices that are not always caught. We’ll have to look at the code.
我的版本是Psi4 1.3.2 release，未设置unlimited。
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

另外我又试了一下32GB也能正常结束，那么也很有可能是安装的有问题。

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