计算化学公社

标题: 想麻烦sob社长和高斯大佬们帮我看个结构优化的问题，非常感谢！ [打印本页]

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-5-4 15:29
标题: 想麻烦sob社长和高斯大佬们帮我看个结构优化的问题，非常感谢！
本帖最后由 sysu_chem 于 2022-5-4 15:47 编辑

Sob社长和各位高斯大佬们，你们好！
我最近用高斯对一个MOF晶体做了结构优化，但是失败了[见附图提示]。我看了sob老师之前写的帖子（http://sobereva.com/61），但是还是不懂怎么弄（帖子内容也看不懂）。
我刚入门高斯计算，还在学习之中，特来麻烦sob老师和高斯大佬帮我看看怎么解决，或者提示一下我该去看看哪些入门基础知识。

附件是MOF的输入文件和用超算计算得到的结果文件。

谢谢大家！

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Author: ChemG 时间: 2022-5-4 16:13
结构问题，你可以在Gaussview中看看，苯环上有的位置都没氢，有的地方氢都跑了，盲猜直接从晶体中抠出来的结构。可以用簇模型做MOF，不过至少要自己把结构调合理。18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例 http://sobereva.com/615
或者直接用CP2K考虑周期性

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-4 16:14
分子结构不合理。从cif文件截取出来的结构是不能直接做计算的，必须手动补氢才能计算。
先打开输入文件，按照化学常识把该补氢的地方补上氢，再跑计算。如果不知道哪里应该补氢，去查文献类似的体系一般是怎么补的。除了补氢以外，还要把明显多余的氢原子删去。参见http://sobereva.com/597，这篇博文虽然讲的是蛋白，但是很多方面也适用于MOF。
此外计算不一定取一个晶胞，对于很多计算需要取超胞才能算准，具体取几乘几乘几的超胞需要查文献类似体系来判断。
如果经过反复确认，结构无误，电荷、自旋多重度也无误，仍然不收敛的话，按照sob老师那篇博文的方法解决，如果看不懂就硬看、硬啃，没有任何捷径。如果实在不懂，把不懂的句子截图上来问，因为你显然不可能每一句都不懂，不懂的话肯定只占博文的一部分。这个是提问的常识，直接贴一篇文章上来说看不懂是极不尊重人的行为，必须把你具体哪几句话看不懂给挑出来，这样别人才可以针对性地解释那几句话，节省别人的时间。参见http://sobereva.com/620了解本论坛提问规则

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-5-4 16:47

ChemG 发表于 2022-5-4 16:13
结构问题，你可以在Gaussview中看看，苯环上有的位置都没氢，有的地方氢都跑了，盲猜直接从晶体中抠出来的 ...

非常感谢解答。我用MS自动给结构加氢了，为什么导入高斯中H原子又没有了。再次感谢！

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-5-4 16:49

wzkchem5 发表于 2022-5-4 16:14
分子结构不合理。从cif文件截取出来的结构是不能直接做计算的，必须手动补氢才能计算。
先打开输入文件， ...

非常感谢大佬解答。您的指点对我入门高斯计算帮助很大，非常感谢！

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Author: 丁越 时间: 2022-5-4 21:57
用cp2k算MOF是很容易的事，Multiwfn可以生成其输入文件。

MOF簇模型补H容易让人补的“眼瞎”

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Author: sysu_chem 时间: 2022-5-4 22:26

丁越发表于 2022-5-4 21:57
用cp2k算MOF是很容易的事，Multiwfn可以生成其输入文件。

MOF簇模型补H容易让人补的“眼瞎”

太感谢您了，我尝试一下。再次感谢仁兄！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-5 08:27
此文里有个MOF单元计算的模型，看这结构是怎么考虑的，怎么处理的边界
Multiwfn使用的高效的静电势算法的介绍文章已于PCCP期刊发表！
http://sobereva.com/614（http://bbs.keinsci.com/thread-24940-1-1.html）

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-5-5 09:30

sobereva 发表于 2022-5-5 08:27
此文里有个MOF单元计算的模型，看这结构是怎么考虑的，怎么处理的边界
Multiwfn使用的高效的静电势算法的 ...

好，谢谢社长解答

作者
Author: snljty 时间: 2022-5-5 11:18
60核给4GB内存也太抠门了...

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)