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标题: 请问sob老师关于分子轨道成分的问题 [打印本页]

作者
Author: lastzealot 时间: 2016-3-28 23:58
标题: 请问sob老师关于分子轨道成分的问题
本帖最后由 lastzealot 于 2016-3-29 00:00 编辑

拜读过您的大作http://sobereva.com/131，写的很详细、生动，也学到了很多。今天看了一篇比较老的文献，其中有一部分中把一个分子的每个分子轨道中某几个原子的贡献计算出来了，并且把其各自的主量子数和角量子数也得到了。
在您的这篇文章中提到了如何计算某个原子、片段对于MO、NBO等的贡献值。
请问sob老师，如何获得参与形成分子轨道的每个原子轨道（包括主量子数n和角量子数l）的信息呢？
怕我没有表达清楚，我把那篇文献中的相关部分粘过来了。
谢谢sob老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-3 13:13
你就按照文中第四节的做法就行了，可以在Multiwfn中利用Mulliken方法、SCPA方法、NAO方法来得到

作者
Author: lastzealot 时间: 2016-4-4 01:41

sobereva 发表于 2016-4-3 13:13
你就按照文中第四节的做法就行了，可以在Multiwfn中利用Mulliken方法、SCPA方法、NAO方法来得到

谢谢sob老师，您太给力了。

作者
Author: huangtf 时间: 2017-9-2 23:03
   Orbital          11       12       13
   Energy    -0.5786 -0.5403 0.0000
   Occ. No.    2.0000 2.0000 1.8820

   1 C1 1s    -0.0035 -0.0052 0.0000
   2 C1 2s    -0.0139 -0.1086 0.0000
   3 C1 2px -0.4258 -0.2538 0.0000
   4 C1 2py -0.0077 0.3449 0.0000
   5 C1 2pz    0.0000 0.0000 -0.3795
   6 C2 1s    -0.0035 0.0052 0.0000
   7 C2 2s    -0.0139 0.1086 0.0000
   8 C2 2px    0.0077 0.3449 0.0000
   9 C2 2py    0.4258 -0.2538 0.0000
10 C2 2pz    0.0000 0.0000 -0.3795
11 C3 1s    -0.0035 0.0052 0.0000
12 C3 2s    -0.0139 0.1086 0.0000
13 C3 2px    0.4258 -0.2538 0.0000
14 C3 2py    0.0077 0.3449 0.0000
15 C3 2pz    0.0000 0.0000 -0.3795
16 C4 1s    -0.0035 -0.0052 0.0000
17 C4 2s    -0.0139 -0.1086 0.0000
18 C4 2px -0.0077 0.3449 0.0000
19 C4 2py -0.4258 -0.2538 0.0000
20 C4 2pz    0.0000 0.0000 -0.3795
21 H5 1s    -0.0176 0.2271 0.0000
22 H6 1s    -0.0176 -0.2271 0.0000
23 H7 1s    -0.0176 -0.2271 0.0000
24 H8 1s    -0.0176 0.2271 0.0000

sob老师，您好！根据您的博文第3部分最后一段讲的SCPA方法，第5个原子轨道（C1的2pz）在第13个分子轨道中的成分（所占的比重）=（-0.3795)^2/[（-0.3795)^2+（-0.3795)^2+（-0.3795)^2+（-0.3795)^2]*100%，请问您这样理解，对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-3 00:47

huangtf 发表于 2017-9-2 23:03
Orbital 11 12 13
Energy -0.5786 -0.5403 0.0000
...

对
拿不准的时候用Multiwfn直接一算就知道了

作者
Author: huangtf 时间: 2017-9-3 12:18

sobereva 发表于 2017-9-3 00:47
对
拿不准的时候用Multiwfn直接一算就知道了

好的，谢谢sob老师！

作者
Author: huangtf 时间: 2017-10-19 23:03
sob老师，请教您两个问题：

1. 对于Molcas输出的.molden文件（用的ANO-RCC基组），计算成键轨道中各原子轨道的贡献，您也是最建议用NAO方法吗？
2. 对于问题1中的.molden文件，如果用加和SCPA方法得到的基函数的贡献来得到成键轨道中各原子轨道的贡献（进入Multiwfn后选8，再选3），结果一般没什么问题吗？

谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-20 08:50

huangtf 发表于 2017-10-19 23:03
sob老师，请教您两个问题：

1. 对于Molcas输出的.molden文件（用的ANO-RCC基组），计算成键轨道中各原子 ...

1 原则上是这样。
2 没问题，只要没有弥散函数，而且能搞清楚基函数和主要描述的原子轨道对应关系即可。

作者
Author: huangtf 时间: 2017-11-2 14:21
本帖最后由 huangtf 于 2017-11-3 16:21 编辑

sob老师，您好！我把Molcas输出的.molden文件（用的ANO-RCC-VDZP基组）导入Molden2AIM；然后在输出的.47文件的$NBO和$END中间添上NAOMO关键词，再导入独立的NBO6.0；最后将产生的输出文件（.out）导入Multiwfn，出现了问题，请问这是因为NBO版本不合适，还是由于操作不对或者其他原因？谢谢老师！

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作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-3 16:42

huangtf 发表于 2017-11-2 14:21
sob老师，您好！我把Molcas输出的.molden文件（用的ANO-RCC-VDZP基组）导入Molden2AIM；然后在输出的.47文 ...

尝试最新的3.4.1版，我这里可以用，这是个例子：

作者
Author: lastzealot 时间: 2017-11-3 21:52
sob老师，请教您一个问题
安装molcas我查到需要做三步
1. 安装openmpi
2. 安装ga函数库
3. 安装molcas

那么，请问
1. 是不是必须按这个顺序做呢？
2. ga函数库有安装教程吗？我不大会

谢谢老师
麻烦您了

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-4 03:19

lastzealot 发表于 2017-11-3 21:52
sob老师，请教您一个问题
安装molcas我查到需要做三步
1. 安装openmpi

我就用过预编译版，CentOS下直接./install.sh就装上了，其它都没装就能运行

作者
Author: lastzealot 时间: 2017-11-4 10:28

sobereva 发表于 2017-11-4 03:19
我就用过预编译版，CentOS下直接./install.sh就装上了，其它都没装就能运行

这样可以并行吗

作者
Author: huangtf 时间: 2017-11-4 21:11
本帖最后由 huangtf 于 2017-11-4 21:14 编辑

sobereva 发表于 2017-11-3 16:42
尝试最新的3.4.1版，我这里可以用，这是个例子：

Sob老师，我把您的T.out文件导入Multiwfn 3.4.1，发现能用NAO方法进行分子轨道成分分析；然后我将您的T.47文件导入beefly先生的NBO6-Win64生成.out，再将这个.out文件导入Multiwfn 3.4.1，发现也能用NAO方法进行分子轨道成分分析；最后我用beefly先生的NBO6-Win64自带的test.47来生成test.out，再把这个test.out文件导入Multiwfn 3.4.1，又出现同样的错误（Error: Cannot found MOs in NAO basis in the input file, the input file is invalid for this function!）。请问这个test.47有什么问题呢？（我打开这个test.47文件发现到$DENSITY，而您的T.47文件到$DENSITY之后，下面还有$FOCK、$LCAOMO和$DIPOLE。）谢谢老师！
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作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-9 21:59

huangtf 发表于 2017-11-4 21:11
Sob老师，我把您的T.out文件导入Multiwfn 3.4.1，发现能用NAO方法进行分子轨道成分分析；然后我将您的T.4 ...

你上传的.47文件内容不够完整，没有LCAOMO信息，因此输出文件里也没有NAOMO信息

作者
Author: chenzhiyong 时间: 2017-11-20 21:55

sobereva 发表于 2016-4-3 13:13
你就按照文中第四节的做法就行了，可以在Multiwfn中利用Mulliken方法、SCPA方法、NAO方法来得到

sob老师，我最近想做一下分子轨道成分分析，我已经认真阅读了http://sobereva.com/131一文，这里有一个问题。我想知道Gaussian里面有个关键词pop=Orbitals=N pop=ThreshOrbital=N，这一关键词计算得到的log文件中查询contribution部分的原子轨道贡献是否对应于你文中提到的第一种计算原子轨道所占成分的方法，即基函数加和方法？？如果不是，那这一关键词计算出来的原子轨道所占比例的可信度如何，又是怎么算的？我实在是没找到相关资料。求教。

作者
Author: chenzhiyong 时间: 2017-11-21 09:56

sobereva 发表于 2017-11-9 21:59
你上传的.47文件内容不够完整，没有LCAOMO信息，因此输出文件里也没有NAOMO信息

sob老师，我有两个问题。
1.如果想研究一个分子LUMO和LUMO+1分子轨道的原子轨道组成，是不是用SCPA基函数加和的方法最好啊？按您http://sobereva.com/131里面说的，NAO不适合研究虚轨道的原子轨道组成（是不是说所有空轨道的原子轨道组成都不适合用NAO方法来算？），AOIM程序又不好用。
2.在用SCPA方法时，如何考虑使用球谐函数，是在计算Gaussian输出文件时加什么关键词吗?我查不到相关信息。
请老师赐教，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-25 17:35

chenzhiyong 发表于 2017-11-21 09:56
sob老师，我有两个问题。
1.如果想研究一个分子LUMO和LUMO+1分子轨道的原子轨道组成，是不是用SCPA基函 ...

1 用SCPA为宜
2 写上5d 7f关键词即可。对于有些基组，Gaussian默认也是用球谐型的。

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