计算化学公社

标题: packmol+gromacs模拟PbSO4在离子液体中的运动，应该选用哪个方式 [打印本页]

作者
Author: karme 时间: 2022-5-4 22:36
标题: packmol+gromacs模拟PbSO4在离子液体中的运动，应该选用哪个方式
我要模拟的是PbSO4在离子液体中的运动。
现有两种思路，一个是将离子液体建模成功后，进行100ns模拟。然后再将PbSO4扔进盒子模拟100ns
另一种是建模的时候就将离子液体和PbSO4一起建模，直接模拟100ns。
请教下各位，应该选用哪种思路呢？

其次，我在对离子液体建模的时候，是将阴离子和阳离子夹着水进行建模，建的模型如下：我想问问这种建模合理吗？如果不合理的话，应该怎么样建才是最好的 (, 下载次数 Times of downloads: 20)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-5 08:36
1 两种都可以，平衡完了都一样
第二种更划算点，监控平衡过程，一旦达到平衡就可以收集数据了。省得先去专门跑离子液体

2 如果你是指阴离子在水的一侧，阳离子在水的另一侧，明显不行。带相同电荷离子间巨大的静电互斥会导致模拟崩溃

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)