计算化学公社

标题: 求助，gromacs修改lj势参数 [打印本页]

作者
Author: sj12138 时间: 2022-5-5 10:33
标题: 求助，gromacs修改lj势参数
想请教一下有经验的前辈，如果我只是想修改两种原子之间的lj势能参数还需要创建新的用户自定义table文件吗？还是只需要在拓扑文件里修改A、C参数就可以那？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2022-5-5 16:53
只改参数直接改拓扑文件里的sigma/epsilon或者C6/C12就行，如果要改变非键作用的函数形式就需要用table

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-6 13:17
如果你只想修改这两个原子类型之间的LJ参数，而不希望由于混合规则影响这两种原子类型与其它原子类型的LJ参数，应当用[ nonbond_params ]字段直接指定这俩原子间的LJ参数

作者
Author: sj12138 时间: 2022-5-6 18:18

Lacrimosa 发表于 2022-5-5 16:53
只改参数直接改拓扑文件里的sigma/epsilon或者C6/C12就行，如果要改变非键作用的函数形式就需要用table

好的，谢谢前辈

作者
Author: sj12138 时间: 2022-5-6 18:20

sobereva 发表于 2022-5-6 13:17
如果你只想修改这两个原子类型之间的LJ参数，而不希望由于混合规则影响这两种原子类型与其它原子类型的LJ参 ...

好的了解了，谢谢sob老师。

作者
Author: 五月雨 时间: 2022-5-6 20:45

sobereva 发表于 2022-5-6 13:17
如果你只想修改这两个原子类型之间的LJ参数，而不希望由于混合规则影响这两种原子类型与其它原子类型的LJ参 ...

请问sob老师，如果知道了一个模型在itp文件中涉及的所有参数，直接手写一个模型的itp文件，和利用sobtop新建原子类型添加范德华、键、角等所有参数之后生成的itp文件有什么区别？一直没搞清楚。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-7 11:49

五月雨发表于 2022-5-6 20:45
请问sob老师，如果知道了一个模型在itp文件中涉及的所有参数，直接手写一个模型的itp文件，和利用s ...

体系大了，手写累死，还容易写错

作者
Author: 吧唧爱吃糖 时间: 2022-6-7 09:03

Lacrimosa 发表于 2022-5-5 16:53
只改参数直接改拓扑文件里的sigma/epsilon或者C6/C12就行，如果要改变非键作用的函数形式就需要用table

师兄你好，我想问一下，在ffnonbonded.itp文件中atomtypes项中出现的C6和C12是利用该原子自身的sigma/epsilon进行计算得到的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-7 09:16

吧唧爱吃糖发表于 2022-6-7 09:03
师兄你好，我想问一下，在ffnonbonded.itp文件中atomtypes项中出现的C6和C12是利用该原子自身的sigma/eps ...

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作者
Author: 吧唧爱吃糖 时间: 2022-6-7 15:24

sobereva 发表于 2022-6-7 09:16

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sob老师，那比如说这个里面是O后面的C6和C12是利用O原子的sigma和epsilon通过公式计算得到的。
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那在nonbond_params中，OM O之间的C6和C12是是通过什么方式得到的那？是先利用混合规则算出OM和O之间的sigma和epsilon，再利用算出来的sigma和epsilon算C6和C12吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-9 07:25

吧唧爱吃糖发表于 2022-6-7 15:24
sob老师，那比如说这个里面是O后面的C6和C12是利用O原子的sigma和epsilon通过公式计算得到 ...

看相应的力场原文用的什么混合规则

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