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标题: 使用CP2K进行METADYNAMICS模拟，后期数据处理问题 [打印本页]

作者
Author: yjb 时间: 2022-5-5 14:34
标题: 使用CP2K进行METADYNAMICS模拟，后期数据处理问题
最近在学习CP2K，跑QM/MM MD，然后使用metadynamics来构造FES势能面。体系是protein+water。

CV设置的是两个原子之间的距离，分别是配体小分子上的H转移到O2的一个氧原子的一个反应。在计算的过程中会有很多.restart文件生成。

使用命令行：graph.psmp -ndim 1 -ndw 1 -file METADYN-1.restart -cp2k 会生成.dat文件然后用Origin作图，得到下面的图像，分别是三个.restart文件生成的三个.dat文件的数据做出来的。

问题：（1）我做出来的图是FES势能面图吗？
（2）如果第一个问题答案是：是。那么为什么我的FES势能面这么奇怪，为什么是有一个很深的势阱？
（3）metadynamics为什么会出现多个.restart文件，有的文件VC值相同，有的会不同。

谢谢各位老师。

[attach]48718[/attach]

作者
Author: 函数与激情 时间: 2022-5-5 15:20
1. 是的；
2. 有可能是这样，也有可能你的metadynamics还没有收敛，如果没有收敛的话，计算的FES是没有意义的；
3. 输入文件里有控制每隔N步输出一个restart文件以便重启作业的关键词，所以有很多个restart文件。

作者
Author: yjb 时间: 2022-5-5 16:51

函数与激情发表于 2022-5-5 15:20
1. 是的；
2. 有可能是这样，也有可能你的metadynamics还没有收敛，如果没有收敛的话，计算的FES是没有意 ...

老师，我看了下我的模拟是收敛了，可能是CV没有设置好，对于restart还有一个问题，我并没有找到每隔N步来重启作业。

&MOTION
&PRINT
  &RESTART
&EACH
MD 1
&END EACH
  &END RESTART
&TRAJECTORY
&EACH
MD 1
&END EACH
&END TRAJECTORY
#&VELOCITIES
  #FILENAME ./MWW-TiO2-15-b-grimme-MD
  #&END VELOCITIES
&END PRINT
  &MD
ENSEMBLE NVT
STEPS 20000
TIMESTEP 0.5
STEP_START_VAL 0
TIME_START_VAL 0.0
TEMPERATURE 300.0
&THERMOSTAT
   TYPE CSVR
   &CSVR
      TIMECON 10.
   &END CSVR
   REGION DEFINED
   &DEFINE_REGION
      MM_SUBSYS ATOMIC
   &END DEFINE_REGION
   &DEFINE_REGION
      QM_SUBSYS ATOMIC
   &END DEFINE_REGION
&END THERMOSTAT
&PRINT
   FORCE_LAST
&END PRINT
  &END MD
  &FREE_ENERGY
METHOD METADYN
&METADYN
   DO_HILLS
   NT_HILLS 20
   WW 0.001
   &METAVAR
      WIDTH [angstrom] 0.25
      COLVAR 1
      &WALL
         TYPE QUADRATIC
         POSITION [angstrom] 3.2
         &QUADRATIC
         K 4.0
         DIRECTION WALL_PLUS
         &END QUADRATIC
      &END WALL
   &END METAVAR
   &PRINT
      &COLVAR
      COMMON_ITERATION_LEVELS 5
      &END COLVAR
      &HILLS
      COMMON_ITERATION_LEVELS 5
      &END HILLS
   &END PRINT
&END METADYN
  &END FREE_ENERGY
&END MOTION

作者
Author: zgdong 时间: 2022-5-15 22:45
请问一下，以键长作为采集变量（cv），其变化趋势与VMD统计的键长变化是否存在对应关系？（metadynamics）,比如，上图中原子间的距离从0开始

作者
Author: gehan 时间: 2023-6-2 22:55

yjb 发表于 2022-5-5 16:51
老师，我看了下我的模拟是收敛了，可能是CV没有设置好，对于restart还有一个问题，我并没有找到每隔N步来 ...

请问您是怎么判断metadynamics模拟收没收敛的，有什么标准吗，能看出高斯峰将势能面填平

作者
Author: XXDD 时间: 2025-8-11 10:56
请问一下你这个图的纵坐标就是fes.dat最后一列的能量吗，单位有换算过吗，还是那一列能量单位就是Hartree

作者
Author: yjb 时间: 2025-9-25 10:51

gehan 发表于 2023-6-2 22:55
请问您是怎么判断metadynamics模拟收没收敛的，有什么标准吗，能看出高斯峰将势能面填平

一般情况下，根据你设置的坐标，经过3个循环，取最后一段的轨迹来截取能垒。

作者
Author: yjb 时间: 2025-9-25 10:51

XXDD 发表于 2025-8-11 10:56
请问一下你这个图的纵坐标就是fes.dat最后一列的能量吗，单位有换算过吗，还是那一列能量单位就是Hartree

查看一下cp2k的unit

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