计算化学公社

标题: 请问如何判断这两条路径的优劣 [打印本页]

作者
Author: Riszzz 时间: 2022-5-5 20:05
标题: 请问如何判断这两条路径的优劣
在计算过程中（热催），得到了这样两条反应路径，红线在势能面上的位置更靠上，但能垒比较低，绿线在势能面上的位置更靠下，但能垒较高，请问哪条路径更优呢？
希望能够得到各位老师的帮助，谢谢了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-5 21:00
按https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar1000956的方法分别计算两条路径的总活化自由能，总活化自由能比较低的更优

作者
Author: Riszzz 时间: 2022-5-5 21:12

wzkchem5 发表于 2022-5-5 21:00
按https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar1000956的方法分别计算两条路径的总活化自由能，总活化自由能比较低 ...

好的好的，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-6 13:29
红线容易进行
参看
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506（http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html）

也可以用concvar进行浓度的模拟得到结论
http://sobereva.com/soft/concvar

作者
Author: orangesea 时间: 2022-5-6 15:01

sobereva 发表于 2022-5-6 13:29
红线容易进行
参看
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生

老师您好请问concvar对于连续的Int 应该怎么输入$link信息？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-6 18:59

orangesea 发表于 2022-5-6 15:01
老师您好请问concvar对于连续的Int 应该怎么输入$link信息？

合并int，只保留一个

作者
Author: Riszzz 时间: 2022-5-8 17:59

wzkchem5 发表于 2022-5-5 21:00
按https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar1000956的方法分别计算两条路径的总活化自由能，总活化自由能比较低 ...

老师您好，请问如果整个势能面最低点为产物，那么可以选择产物为TDI吗

作者
Author: Riszzz 时间: 2022-5-8 18:01

sobereva 发表于 2022-5-6 13:29
红线容易进行
参看
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生

谢谢老师，还有个问题想请教老师，根据https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar1000956这篇文章中的方法计算总活化自由能时，如果整个势能面最低点为产物，可以选择产物为TDI吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-8 18:20

Riszzz 发表于 2022-5-8 10:59
老师您好，请问如果整个势能面最低点为产物，那么可以选择产物为TDI吗

不能。仔细看TDI的定义，TDI不一定是势能面最低点

作者
Author: orangesea 时间: 2022-5-8 21:46
本帖最后由 orangesea 于 2022-5-8 22:59 编辑

sobereva 发表于 2022-5-6 18:59
合并int，只保留一个

老师您好对于concvar模拟有些疑问
1.在利用concvar分析时，stepsize是由能垒最小的步骤所决定的
如果反应中两个中间体之间的能垒较小，比决速步小10kcal/mol以上，如果按照最小能垒设定stepsize，几乎不能模拟出整个反应，是否对于这样的情况，只要能垒比决速步少了10kcal/mol以上（即是绝对来说这个能垒并不小），均可认为它满足玻尔兹曼分布，从而用$Boltzmann关键词来“连接”两个中间体？
2.对于催化循环，是否只要用$fix将两端的催化剂浓度设为一样的定值即可？（假设催化剂没有被损耗）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-9 23:03

orangesea 发表于 2022-5-8 21:46
老师您好对于concvar模拟有些疑问
1.在利用concvar分析时，stepsize是由能垒最小的步骤所决定的
如果 ...

1 也得看这样的中间体参与的其它反应的势垒如何，看情况。
往往也可以把两个中间体取其中最低的那个当做一个处理

2 是

作者
Author: orangesea 时间: 2022-5-9 23:10

sobereva 发表于 2022-5-9 23:03
1 也得看这样的中间体参与的其它反应的势垒如何，看情况。
往往也可以把两个中间体取其中最低的那个当做 ...

谢谢老师的解答

作者
Author: Riszzz 时间: 2022-11-16 11:09

wzkchem5 发表于 2022-5-5 21:00
按https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar1000956的方法分别计算两条路径的总活化自由能，总活化自由能比较低 ...

老师您好，最近在使用能量跨度模型时要到了一个问题，想请教您一下。
在反应吉布斯自由能大于0的情况下，该怎么计算TOF呢，简化后的TOF公式还适用吗？如果使用未简化的公式，得到的TOF是负数，这代表什么呀？
希望能得到您的回复，谢谢您了！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-16 15:07

Riszzz 发表于 2022-11-16 04:09
老师您好，最近在使用能量跨度模型时要到了一个问题，想请教您一下。
在反应吉布斯自由能大于0的情况下 ...

按简化前的公式算，或者先按简化后的公式算逆反应的TOF，再按精细平衡原理算出正反应TOF
此外需要注意，你要算的是正反应本身，还是正反应速率减去逆反应速率。如果是后者的话，还需要知道实验条件下产物的稳态浓度才行。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)