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标题: 关于蛋白簇模型寻找过渡态的问题（软件为ORCA） [打印本页]

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-5-6 19:06
标题: 关于蛋白簇模型寻找过渡态的问题（软件为ORCA）
本帖最后由溪临昭煌于 2022-5-7 13:39 编辑

各位老师好，我现在在按照sob老师的建议使用蛋白团簇模型进行反应路径搜索（http://sobereva.com/597），使用的软件是ORCA，方法是xtb，模型中只有C,H,O,N。当我优化了初始结构后进行频率计算，由于冻结边界原子而存在一些虚频。

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接下来我按照文献报道，自己手动放置原子形成了一个初猜结构，使用optTS进行过渡态优化，但是发现优化后结构回到了初始结构的稳定状态。（灰色为初猜结构，蓝色为优化后，红色为过渡态优化后）
(, 下载次数 Times of downloads: 19)
因此想请问三个问题：
1.这种过渡态搜索失败是因为摆放不合理还是因为optTS无法适应这种存在多个虚频的情况？
2.冻结边界原子使得模型优化后存在微小的虚频，会影响optTS的功能吗？
3.orca有没有办法解决这种冻结后存在微小虚频的方法？

作者
Author: dnlx 时间: 2022-5-6 22:44
我自己的一点点经验是，这么复杂的结构直接用OptTS找过渡态纯属撞大运。还是应该先用柔性扫描。

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-5-7 09:15

dnlx 发表于 2022-5-6 22:44
我自己的一点点经验是，这么复杂的结构直接用OptTS找过渡态纯属撞大运。还是应该先用柔性扫描。

谢谢老师，我去试一下。想请教一下老师，这些冻结导致的虚频会影响扫描后进行的过渡态优化吗

作者
Author: dnlx 时间: 2022-5-7 09:51

溪临昭煌发表于 2022-5-7 09:15
谢谢老师，我去试一下。想请教一下老师，这些冻结导致的虚频会影响扫描后进行的过渡态优化吗

这个我不知道，等待高手回答。

有时候ORCA找到的过渡态，也会有一些待消除的小虚频，所以我的猜测是，这些小虚频不会导致ORCA找不到过渡态；需要一步步试。

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-5-7 10:10

dnlx 发表于 2022-5-7 09:51
这个我不知道，等待高手回答。

有时候ORCA找到的过渡态，也会有一些待消除的小虚频，所以我的猜测是， ...

明白了，谢谢老师耐心回复

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-7 15:08

dnlx 发表于 2022-5-7 02:51
这个我不知道，等待高手回答。

有时候ORCA找到的过渡态，也会有一些待消除的小虚频，所以我的猜测是， ...

不会。但凡是基于P-RFO算法优化过渡态的程序（包括高斯、ORCA），小虚频都不影响优化，除非你要的虚频比这些小虚频还小，但那样的话即使没有小虚频优化也会很困难。

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-5-7 15:40

wzkchem5 发表于 2022-5-7 15:08
不会。但凡是基于P-RFO算法优化过渡态的程序（包括高斯、ORCA），小虚频都不影响优化，除非你要的虚频比 ...

明白了，谢谢老师回复

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-5-7 18:49

dnlx 发表于 2022-5-6 22:44
我自己的一点点经验是，这么复杂的结构直接用OptTS找过渡态纯属撞大运。还是应该先用柔性扫描。

请问老师，您有没有遇到过柔性扫描找不到极大值的情况？我按照文献的报道变化对一根键键长进行柔性扫描，发现能量一直在上升，没有拐点。减小步长或者增加扫描距离都是这种情况

作者
Author: dnlx 时间: 2022-5-7 20:14

溪临昭煌发表于 2022-5-7 18:49
请问老师，您有没有遇到过柔性扫描找不到极大值的情况？我按照文献的报道变化对一根键键长进行柔性扫描， ...

没有遇到过。这种情况下不应该找得到过渡态。

如果理论方法和关键词没问题，不知道是不是因为你冻结的原子不合适，比如冻结得太多。我觉得应该从简化的模型开始试（测试理论方法），成功后再逐渐添加原子。

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-5-7 21:31

dnlx 发表于 2022-5-7 20:14
没有遇到过。这种情况下不应该找得到过渡态。

如果理论方法和关键词没问题，不知道是不是因为你冻结的 ...

谢谢老师的建议，我尝试一下

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