计算化学公社

标题: 非键的长程/短程相互作用和截断之间的关系 [打印本页]

作者
Author: XYwinne 时间: 2016-3-29 22:02
标题: 非键的长程/短程相互作用和截断之间的关系
一直比较疑惑，库伦是长程力，范德华是短程力，那么长程/短程和截断之间的关系是什么？
另外gromacs中用g_energy所提取的LJ-SR，LJ-LR，Coul-SR，为什么库伦只有短程的？
请教各位大神！！！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-3-29 22:14
库伦力是1/r_12, 范德华大概是(r_12)^-6; 故而范德华比库伦衰减的快得多。故而称长程和短程。
不明白“长程/短程和截断之间的关系”是什么意思。

作者
Author: XYwinne 时间: 2016-3-30 09:27
如果是长程力就不能截断啊，按照手册的说法，是将截断外的减去一个值使力为0。
另外短程的范德华力不应该有长程相互作用能量（LJ-LR），长程的库伦力应该有长程相互作用能量（Coul-LR）。

作者
Author: wbn 时间: 2016-3-31 00:22
当rcolumb > rlist 才会有 coul-lr, rvdw > rlist 才会有 lj-lr. 我一般设这三个值相等。

作者
Author: XYwinne 时间: 2016-3-31 12:15

wbn 发表于 2016-3-31 00:22
当rcolumb > rlist 才会有 coul-lr, rvdw > rlist 才会有 lj-lr. 我一般设这三个值相等。

这就是双重截断的意思吧？
还有个问题，库伦如果用PME就没有截断，那为什么还要设置rcoulomb?

作者
Author: wbn 时间: 2016-4-1 01:27

XYwinne 发表于 2016-3-31 12:15
这就是双重截断的意思吧？
还有个问题，库伦如果用PME就没有截断，那为什么还要设置rcoulomb?

是叫twin-range neighboring search approach，我不知道和你说的双重截断是不是一个意思。
rcoulomb 之内的 electrostatic potential 是通过neighboring search直接计算的。PME是处理长程作用的。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-3 13:23

XYwinne 发表于 2016-3-31 12:15
这就是双重截断的意思吧？
还有个问题，库伦如果用PME就没有截断，那为什么还要设置rcoulomb?

PME是计算库仑作用的方法，可以把无穷远的静电作用都考虑。PME计算时分为实空间和倒易空间两部分计算，用户需要自己设定半径分离二者，这就是rcoulomb（此时必须=rlist）。原理上这个值不影响PME计算结果，只影响PME计算效率。rcoulomb内部的就是SR，以外的就是LR。

作者
Author: XYwinne 时间: 2016-4-3 21:13
感谢sob老师和大家的回答

作者
Author: daydayup 时间: 2019-9-15 15:22

XYwinne 发表于 2016-4-3 21:13
感谢sob老师和大家的回答

对范德华力与静电力的截断半径有点疑惑，请问分子与范德华力截断半径以外距离的分子之间还有范德华力作用吗？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-17 03:25

daydayup 发表于 2019-9-15 15:22
对范德华力与静电力的截断半径有点疑惑，请问分子与范德华力截断半径以外距离的分子之间还有范德华力作用 ...

如果你是通过常规的cutoff方式算的范德华作用，原子与截断半径以外的原子没有范德华作用。但如果你开了能量/压力色散修正，会通过近似方式估计截断处理导致的色散作用对总能量和压力产生的影响

作者
Author: Anlan_dawn 时间: 2020-2-6 00:05

sobereva 发表于 2019-9-17 03:25
如果你是通过常规的cutoff方式算的范德华作用，原子与截断半径以外的原子没有范德华作用。但如果你开了能 ...

您好！我想请教您gromacs相关的问题！
请问decay ratio/time of the thermostat，ionic and vd Waals summation schemes这两个词是什么意思？
另外如果直接讲影响某蛋白质的作用力的cutoff radius是指rlist、rcoulomb、rvdw这三个吗？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-6 02:45

Anlan_dawn 发表于 2020-2-6 00:05
您好！我想请教您gromacs相关的问题！
请问decay ratio/time of the thermostat，ionic and vd Waals su ...

decay ratio/time of the thermostat不知道
ionic and vd Waals summation schemes大抵指静电和范德华作用计算方法，看具体语境
看具体用什么方式算非键作用。诸如用PME方式算静电、范德华作用的话，则rcoulomb、rvdw都不会影响结果。对于不同计算非键相互作用的方法，这些参数的具体意义都不同。

作者
Author: Anlan_dawn 时间: 2020-2-6 12:21

sobereva 发表于 2020-2-6 02:45
decay ratio/time of the thermostat不知道
ionic and vd Waals summation schemes大抵指静电和范德华作 ...

非常感谢您！
我使用的是PME方式，那么cutoff radius是不是就是指rlist？
另外我的ionic and vd waals summation schemes是否就是PME?

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-8 10:04

Anlan_dawn 发表于 2020-2-6 12:21
非常感谢您！
我使用的是PME方式，那么cutoff radius是不是就是指rlist？
另外我的ionic and vd waals ...

不是。此时cutoff是实空间部分计算作用距离，rlist是邻居列表范围
否。你先看点基本资料搞懂PME的思想是什么。PME是对周期性体系计算无穷远非键作用的做法。由于静电作用随距离衰减慢(1/r)，所以PME通常只用在计算静电作用上。而范德华作用随距离衰减很快(1/r^6)，简单截断方式计算就够了，因此一般都不用更昂贵的PME方式算。

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