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标题: 求助：想要的构象进行MD时总是不稳定怎么改善？ [打印本页]

作者
Author: aeroblues 时间: 2022-5-7 09:36
标题: 求助：想要的构象进行MD时总是不稳定怎么改善？
本帖最后由 aeroblues 于 2022-5-7 09:46 编辑

各位老师早上好。小弟做的是蛋白质-配体的MD模拟。前期我经过了autodock vina对接选出结合能最低的四种构象，然后用这四种构象进行MD模拟，模拟操作以及参数用了官方教程的文件并且做了小部分的修改来符合我的构象。其中我想要的两种构象在进行MD模拟的时候，小分子配体总是在30ns左右就偏离出蛋白质的活性口袋了，这是不是说明这种构象本身就不稳定，还是说我的模拟时间不够长？
模拟结束后我处理了轨迹文件，并且用VMD查看了一遍，应该不存在周期性边界的问题。处理轨迹的代码如下
gmx trjconv -s md_0_50.tpr -f md_0_50.xtc -o md_0_50_center.xtc -center -pbc mol -ur compact
选择“蛋白质”进行居中
gmx trjconv -f md_0_50_center.xtc -pbc nojump -b 0 -e 50000 -o md50_last.xtc
我进行过100ns，50ns的模拟。下图是小分子配体对蛋白质骨架的RMSD值，其中参考构象为第一帧。
检查过能量以及nvt和npt了，都是较稳的。另外我参考的这篇文献最后用的是正则系综进行MD，而我是等温等压系综。文献最终中的RMSD值比较稳定，我的就不太行，是不是跟使用的系综有关系。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-8 10:05
参考
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）

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