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标题: LAMMPS生成的dump文件怎么转换格式写入Multiwfn计算孔洞体积 [打印本页]

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xiaoheihei    时间: 2022-5-8 09:45
标题: LAMMPS生成的dump文件怎么转换格式写入Multiwfn计算孔洞体积
哈喽,老师们好,我是用lammps模拟了纯铁的激光熔化,下图是将dump文件导入可视化软件ovito观察到的孔洞情况, (, 下载次数 Times of downloads: 38)
我想计算孔洞的体积分数,学习了这篇教程学:使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)
但是我自己模拟结果生成的文件是".data"格式,这个格式不支持Multiwfn程序的计算,我想请问老师们怎么才能把.data格式的文件转换成支持Multiwfn程序计算的格式?

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sobereva    时间: 2022-5-8 10:03
保存成xyz或pdb等Multiwfn认识的格式,支持什么格式在《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换》(http://sobereva.com/379)里写得十分明确。
VMD应该能做到

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xiaoheihei    时间: 2022-5-9 10:30
sobereva 发表于 2022-5-8 10:03
保存成xyz或pdb等Multiwfn认识的格式,支持什么格式在《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互 ...

谢谢老师,之前用的ovito没有办法转成需要的格式,下载vmd之后转换成功了,而且测试了自己用lammps建立的简单模型,也计算成功了,再次感谢老师!
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foging    时间: 2024-4-21 15:30
xiaoheihei 发表于 2022-5-9 10:30
谢谢老师,之前用的ovito没有办法转成需要的格式,下载vmd之后转换成功了,而且测试了自己用lammps建立的 ...

你好,请问下是进行了哪两种格式的转化呢,可不可以把data格式转为pdb格式




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