计算化学公社

标题: 使用DIMER搜寻过渡态产生的restart文件的问题 [打印本页]

作者
Author: 萧瑟 时间: 2022-5-8 22:55
标题: 使用DIMER搜寻过渡态产生的restart文件的问题
请教一下各位老师我用cp2k 里的DIMER方法搜寻一个结构的过渡态，不知道为什么输出的轨迹文件.xyz 里面每一帧结构都会有一个对应的.restart文件输出我查看了一下里面还包含了结构的受力情况。所以，这些.restart文件里的结构是搜寻找到的可能的过渡态吗？对应输出这么多。restart文件是为了之后做振动分析用作输入文件吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-9 12:43
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“使用DIMER 搜寻过渡态”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-9 12:45
每多少步输出一次restart文件可以自己设
restart可以用于续算用。对于restart和xyz都是每一步写入一次的情况，最后一步的restart里的结构和xyz最后一帧的结构是相同的，可以作为之后做振动分析的结构

作者
Author: 萧瑟 时间: 2022-5-9 14:25

sobereva 发表于 2022-5-9 12:45
每多少步输出一次restart文件可以自己设
restart可以用于续算用。对于restart和xyz都是每一步写入一次的情 ...

谢谢sob老师。
我之前计算都只会生成一个restart文件用于续算，但是这次用DIMER方法搜寻过渡态除了正常生成的续算文件外还额外生成了20多个restart文件，额外生成的restart文件数量和xyz里的结构数量一致。请问这些针对每一个结构所生成的restart文件是有什么额外的用处吗？
还是说这就是DIMER找到的过渡态结构？

作者
Author: 萧瑟 时间: 2022-5-9 14:26

sobereva 发表于 2022-5-9 12:43
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-9 21:21

萧瑟发表于 2022-5-9 14:25
谢谢sob老师。
我之前计算都只会生成一个restart文件用于续算，但是这次用DIMER方法搜寻过渡态除了正常 ...

中间产生的通常没用处
显然最后收敛的那一步对应的才是过渡态结构

作者
Author: 萧瑟 时间: 2022-5-9 21:59

sobereva 发表于 2022-5-9 21:21
中间产生的通常没用处
显然最后收敛的那一步对应的才是过渡态结构

了解了谢谢sob老师

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