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标题: 如何通过Bio3D的聚类图，获得典型pdb结构 [打印本页]

作者
Author: zhencheng874125 时间: 2022-5-9 05:52
标题: 如何通过Bio3D的聚类图，获得典型pdb结构
1. From Bio3D select top 6 clusters then plot RMSD vs time to which cluster the frame belongs to (maybe colour coded)
2. Combine all trajectories from M3 and WT then do PCA, assign over time which clusters is the frame in a particular time. See if you end up with variants in a particular cluster during the course of time

大家好，求助第一个问题，如何通过Bio3D的聚类图，获得典型pdb结构（Bio3D 通过PCA提取某帧pdb）？？？看过官网说明（bio3d:http://thegrantlab.org/bio3d_v2/tutorials/trajectory-analysis），没有任何指导，而其他的聚类分析都有log文件和index文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-9 11:58
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“Bio3D”改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理！

当前问题和GROMACS没直接关系，不要选择GROMACS分类，这次给你改了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-9 12:07
诸如此类极小众程序直接发邮件问作者最快

单纯的聚类分析，GROMACS、AMBER都自带了相应功能，没什么必要非要用额外程序

作者
Author: zhencheng874125 时间: 2022-5-9 19:11
好的，谢谢sob老师！我试试看，最近尝试了几种方法，但是外导非要用这种

。感谢！！

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