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标题: lammps建立的模型导入VMD模拟框和原子错位了，要怎么让它们重合？ [打印本页]

作者
Author: xiaoheihei 时间: 2022-5-9 10:48
标题: lammps建立的模型导入VMD模拟框和原子错位了，要怎么让它们重合？
各位老师，大家好，我用lammps模拟激光熔化纯铁，生成的结果文件经过修剪之后，导入ovito之后，模拟盒子和原子是重合的，像图片这样 (, 下载次数 Times of downloads: 9)
但是之后导入VMD之后，模拟盒子和原子错位了，像图片这样 (, 下载次数 Times of downloads: 9) ，我检查之后发现盒子的起点是从（0，0，0）开始的，而我的原子在建模的时候是从（0，-60，-17）开始的，所以这里应该是模拟盒子位置发生了改变。
我想请问老师怎么把盒子和原子对齐重合到一起，因为我需要用VMD把模型的格式改成pdb格式，写入Multiwfn程序计算孔洞体积分数。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-9 12:16
用VMD保存成pdb文件，然后载入Multiwfn，用下文介绍的功能中的平移体系功能，对体系平移就完了
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

作者
Author: xiaoheihei 时间: 2022-5-12 19:03

sobereva 发表于 2022-5-9 12:16
用VMD保存成pdb文件，然后载入Multiwfn，用下文介绍的功能中的平移体系功能，对体系平移就完了
Multiwfn中 ...

谢谢老师

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