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标题: 怎么用自己建立的体系生成对应的top文件 [打印本页]

作者
Author: thor 时间: 2022-5-9 17:24
标题: 怎么用自己建立的体系生成对应的top文件
我用VMD建立了想要的模型，但是使用gmx pdb2gmx -f Ti3C2O2_3.gro -o Mxene.gro -p Mxene.top -water tip3p生成top文件报错，Residue 'MOL' not found in residue topology database，这样子怎么修改对应的rtp文件，求救

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-9 17:31
一旦犯错，就可以对号入座了 http://sobereva.com/soft/Sobtop/

作者
Author: thor 时间: 2022-5-9 17:44

牧生发表于 2022-5-9 17:31
一旦犯错，就可以对号入座了 http://sobereva.com/soft/Sobtop/

我想知道这个啥问题

作者
Author: thor 时间: 2022-5-9 17:52

牧生发表于 2022-5-9 17:31
一旦犯错，就可以对号入座了 http://sobereva.com/soft/Sobtop/

用sobtop半天还没反应，应该是有点大

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-9 20:34

thor 发表于 2022-5-9 17:52
用sobtop半天还没反应，应该是有点大

你根本都不知道pdb2gmx是干嘛的、运作机制是什么。没有GROMACS基本常识的人才会看见什么体系都上来就用pdb2gmx
pdb2gmx根本就不可能搞你这种体系。产生这种体系最好的工具就是sobtop，没有之一。

半天没反应8成是你不了解怎么正确使用sobtop，正在瞎用sobtop。
认认真真看sobtop主页上的丰富、详细的教程，正确理解每个步骤的含义，举一反三

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