计算化学公社

标题: 求助GaussView构建分子时化学键出现变化 [打印本页]

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Author: 落微 时间: 2022-5-9 20:03
标题: 求助GaussView构建分子时化学键出现变化
请问各位老师，我用Gaussview构建中间体及过渡态时，有些要断键的化学键拉长后设置为虚线化学键，为啥再打开这个键就没有了呢，还有些三键再打开就变双键了。

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Author: chands 时间: 2022-5-9 20:08
本帖最后由 chands 于 2022-5-9 20:13 编辑

没关系，只要坐标不变就行。不影响结果。Gaussian有自己的判断成键标准，可能与实际情况不一致。要想在gjf文件中保存键设置，加geom=connectivity

作者
Author: 落微 时间: 2022-5-9 20:50

chands 发表于 2022-5-9 20:08
没关系，只要坐标不变就行。不影响结果。Gaussian有自己的判断成键标准，可能与实际情况不一致。要想在gjf ...

好的，谢谢您，我计算苯环被氧化脱除CO的时候，有一步过渡态是CO中的碳用虚线和苯环开环的碳连一起，虚线键没有后CO就直接飞走了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-9 20:55
仔细看此文了解成键的判断规则
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

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Author: wzkchem5 时间: 2022-5-9 20:57

落微发表于 2022-5-9 13:50
好的，谢谢您，我计算苯环被氧化脱除CO的时候，有一步过渡态是CO中的碳用虚线和苯环开环的碳连一起，虚线 ...

这种情况下，其实飞走才是原因，键消失是飞走的结果。因为高斯做DFT计算是不会用到成键信息的，成键信息是GaussView在高斯计算完成以后根据原子距离判断的。所以即使你把键连起来，也不可能阻止CO飞走。
参见http://sobereva.com/414

作者
Author: 落微 时间: 2022-5-9 21:10

sobereva 发表于 2022-5-9 20:55
仔细看此文了解成键的判断规则
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.kein ...

好的，谢谢社长

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Author: 落微 时间: 2022-5-9 21:10

wzkchem5 发表于 2022-5-9 20:57
这种情况下，其实飞走才是原因，键消失是飞走的结果。因为高斯做DFT计算是不会用到成键信息的，成键信息 ...

好的，谢谢您

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