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标题: 在MacOS上使用心心念念的Multiwfn最新版 [打印本页]
作者Author: 社会主义小战士 时间: 2022-5-10 15:45
标题: 在MacOS上使用心心念念的Multiwfn最新版
Multiwfn是实现电子波函数分析的极其强大的程序，是量子化学计算领域的关键成员。Multiwfn是免费的、开源的、高效的、用户友好和操作上灵活的，它支持几乎所有最重要的波函数分析方法。在卢天老师的维护与支持下，Multiwfn目前在全球范围内包含和引用的文章已经超过9000篇，并分布于超过80多个国家，可见 Multiwfn在领域内已经受到了非常广泛的认可。
本文使用的Multiwfn版本为3.8版本，后续更新版本亦可按照本文描述的方法进行使用！
在3.7版本之前，Multiwfn不仅仅会直接提供各个系统支持的二进制文件，同时也会提供在各个系统下的编译源码，而由于 Multiwfn的最新版本已不再对MacOS系统进行支持，因此，选择一种优雅的方式在MacOS系统上顺利的使用Multiwfn尤为必要，当然仅仅是针对极少部分想在MacOS系统上学习和使用的人群。
第一步：安装Docker
1. 在终端里用brew安装
# brew install docker
2. 下载桌面版Docker
进入链接，选择下载的类型
https://www.docker.com/products/docker-desktop/
如下图所示：
(, 下载次数 Times of downloads: 59)
选择自己对应的版本，比如Intel芯片的就选第一个，苹果自研芯片的就第二个，如果你不知道自己是什么芯片，可以点击电脑屏幕上的小苹果，选择“关于本机”，在处理器那行就会看到是什么芯片。
第二步：创建容器
1. 打开桌面版Docker
点击左侧边栏的Images可以看到当前系统内安装了哪些镜像
(, 下载次数 Times of downloads: 59)
2. 将桌面版Docker最小化，但不要关闭
由于本人习惯于使用命令行的方式来操作，或许这里有可点点鼠标就可弄好的地方，但我也没去仔细看，所以打开终端输入以下命令并回车：
# docker pull ubuntu
3. pull之后检查是否成功拉取到ubuntu镜像
(, 下载次数 Times of downloads: 59)
可以看到有一个名称叫做 ubuntu的REPOSITORY，说明顺利拉取到了ubuntu环境
4. 进入ubuntu环境并配置共享目录
# docker run -t -i -v /Users/dai_jh/OneDrive/MULTIWFN:/Multiwfn ubuntu /bin/bash
这里的/Users/dai_jh/OneDrive/MULTIWFN是选定的这台电脑上将要放置Multiwfn输入输出文件的路径，而/Multiwfn则是进入ubuntu 环境后实际进行操作的路径，两者间的“:”切记不要忘记！如果当前路径下并没有这些指定的目录，那么执行此命令后会自动生成。
5. 下载并使用最新版Multiwfn！
选择Linux 64位的二进制文件，这里选择GUI版本或者no_GUI版本都可！当然，你也完全可以选择Linux下的源码以进行编译获得Multiwfn！
将下载下来的软件包放到上述目即/Users/dai_jh/OneDrive/MULTIWFN中
在终端内进入/Multiwfn目录
此时输入
# ls
就会看到在ubuntu环境里也有刚刚下载的Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux.zip
# apt-get update
# apt-get upgrade
# apt-get update
# apt-get install unzip
# unzip Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux.zip
执行上述命令完成解压
即可在当前目录下解压后的文件夹中获得Multiwfn的可执行文件，输入
# ./Multiwfn “输入文件”
即可开始操作！！！
假如选择编译版，下载对应的压缩包后，操作如上，解压完成后，进入解压后的目录，执行
# make
即可开始编译，若提示报错，往往是由于当前系统版本的一些lib库缺失，执行
# apt-get install 对应版本的lib
或者通过yum 进行安装
注：与占据庞大内存且运行极度缓慢又卡顿的虚拟机/双系统比起来，此方法利用docker容器可以说是极其便利与经济实惠的！！！
作者Author: abin 时间: 2022-5-10 16:39
虚拟机未必会卡顿，
是要钱。
PD运行微软特别丝滑……
不过，会导致有独立显卡的机器，风扇狂叫。
虚拟机，的确会占据好几个GB的磁盘空间。
其实，开发者，
可以把程序直接打包为docker镜像，
或者singularity/apptainer 不过这个玩意不支持微软。
也有Ubuntu 推荐的snap方案。
之前也有AppImage方案，不过用的人不多。
这些东西都是独立的二进制。
和系统无关。
作者Author: abin 时间: 2022-5-10 16:43
另一个思路是，MultiWFN依赖部分组件，
但是程序又是独立的。
可以利用singularity 提供一个可供该程序运行的系统，
而把程序当作数据。
用户下载新版之后，
singularity exec XXX，
XXX是特定的系统镜像即可。
我有这样的系统镜像，大概100MB。
不过，仅仅支持Linux 系统。
这也许是，要在Linux 上面运行的比较简单的方案。
作者Author: 社会主义小战士 时间: 2022-5-10 16:50
自己的电脑怎么方便怎么来
作者Author: qchem 时间: 2022-5-10 20:36
用UTM虚拟了个win11 arm版，还是比较流畅的
作者Author: 社会主义小战士 时间: 2022-5-10 21:04
本帖最后由 社会主义小战士 于 2022-5-10 21:06 编辑
嗯嗯，容器化仍然是目前喜欢命令行模式的朋友在macOS里使用Multiwfn的最优解！
另外只要设备够好，完全不必担心安装虚拟机卡慢的问题！
作者Author: mizu-bai 时间: 2022-5-11 00:38
您好，我之前也研究过使用 docker 打包 Multiwfn 的方法，见帖子 Multiwfn 3.8 (dev) on macOS 中。想请问一下您的 Mac 是 Intel 版本还是 Apple Silicon 版本，若是 Apple Silicon 版本，是否能在 x64 镜像中运行起 Multiwfn 3.8 (dev)，之前听闻朋友尝试藉以 docker 运行 linux 版 Gaussian 时，遇到了 SSE 指令缺失问题，不知 Multiwfn 是否能顺利运行。由于我只有 Intel 版本 Mac，我帖子下的关于 Apple Silicon Mac 的问题无法回答，若能在您这里得到答案，也是一件好事。
作者Author: 社会主义小战士 时间: 2022-5-11 10:26
嗯嗯，我去看了您的帖子，您的帖子写的已经很详细了，但是跟本文有着明显的不同点。
我看出您应该是想要做一个Multiwfn的Dockerfile，但是这个事情我认为目前还是比较难实现的（对于我来说是比较难实现的），这点您的帖子也有提到，有网上的教程说可以一键生成Dockerfile的，但是其实并不现实，尤其是对于Multiwfn这种具有庞大的底层，当然去看代码是很清楚的；我更希望Multiwfn官方网站在某一天能够发布它的Dockerfile或者Docker镜像，这样不管大家使用的是什么平台，pull一下就可以了，非常便利也很有利于用户群的推广。
至于本文所提及的，姑且可以看作是在自己电脑里利用Docker这个软件，挂载了一个ubuntu的轻量化环境，与虚拟机非常相像但又有本质的不同，在这个环境里编译或者使用Multiwfn。
作者Author: 社会主义小战士 时间: 2022-5-11 10:36
我的设备目前也是Intel芯片，苹果的芯片太新了，暂时不考虑用
作者Author: mizu-bai 时间: 2022-5-11 16:55
嗯嗯，其实我已经做好了 gui 版本和 nogui 版本的镜像，已经发布在 docker hub 上可供下载了，看到 sob 老师说 4.0 后就没有 Multiwfn for macOS 了，借助 docker 也是一个办法。
作者Author: 社会主义小战士 时间: 2022-5-11 23:21
赞！
作者Author: tmdzd 时间: 2022-7-6 16:17
你好我用这个方法遇到一些问题 先是会出现libxm.so.4 not found 安装libxm4 后又会有libgl.so.1 not found 再安装后最后会显示 can't display X window, 想问一下有没有解决方案以及是否每次都需要反复安装这两个lib 谢谢！
作者Author: 社会主义小战士 时间: 2022-7-14 16:37
使用noGUI版本的，或者在ubuntu容器里安装Xwindow！
作者Author: 寒心望明月 时间: 2022-10-25 09:54
你好，请问我M1芯片的MBP，在PD Win11的系统里运行Multiwfn有时候一打开就闪退，有时候操作几步之后就莫名其妙闪退，这是怎么回事呢
作者Author: 社会主义小战士 时间: 2022-10-26 07:23
可能是内存分配的问题
作者Author: skdmax 时间: 2023-12-30 07:57
M1的MacBook, 用PD虚拟一个ubuntu,没办法运行Multiwfn您清楚怎么解决吗？运行的时候提示：parallels@ubuntu-macbook:~/vmd194$ m
bash: /home/parallels/Multiwfn38/Multiwfn: cannot execute binary file: Exec format error
另外，虚拟的win11可以正常运行Multiwfn。
作者Author: qchem 时间: 2024-1-2 17:05
不知道。
现在都不用虚拟机了，直接远程物理机。
作者Author: skdmax 时间: 2024-1-2 19:18
这个不错，我基本上也是这样弄。
作者Author: 克里斯保 时间: 2024-9-12 21:01
您好，我也遇到这个问题了，我是最新版的M3芯片MAC，安装了PD虚拟机，在虚拟机环境下用Multiwfn打开软件就闪退，有解决方法吗？
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