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标题: AIMD是否平衡的分析及氢键数目计算 [打印本页]

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Author: fly1992 时间: 2022-5-10 16:36
标题: AIMD是否平衡的分析及氢键数目计算
本帖最后由 fly1992 于 2022-5-10 16:52 编辑

想请问大家几个关于aimd的问题，1.我用社长的Multiwfn生成的cp2k的inp文件，仿照文献中模拟Cu-H2O界面，模拟了20000fs，用VMD分析轨迹的RMSD，得到如下的结果：
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我看了社长之前的帖子，对于判断不同的体系是否达到平衡，RMSD分析应该用不同的标准，像这种固液界面的体系应该用什么样的标准？另外，这里应该选择all还是选择每一种元素单独查看？
2.判断这种固液界面模拟是否达到平衡，除了社长所提到的温度，能量，轨迹，我看到文献中这种固液界面的模拟还有用费米能级和静电势来判断模拟是否达到平衡，这里所说的费米能级和静电势应该采用什么标准进行判断呢？
3.vmd中有一个功能是Hydrogen Bond，这个里面section1 和section2 指的是两个氢键的两个部分吗？如果我想得到水分子之前的氢键数目，这里是不是应该分别填我想查看区域的O？
这里是一篇文献(Nature material, vol 18, 2019, 697)中的图，这里所提到的Ndonor应该跟氢键数目是相同的意思吗？如果是一个意思的话，section1和section2分别应该填什么？

(, 下载次数 Times of downloads: 24)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-10 17:51
1 体系密度、水之间的氢键数，Cu特定距离内O或H数目随时间的变化等，都可以用来判断平衡

2 费米能级和静电势跟判断平衡没明显关系。如果你看到什么文章这么做，看文章里具体怎么说的

3 都填water

作者
Author: fly1992 时间: 2022-5-10 19:52

sobereva 发表于 2022-5-10 17:51
1 体系密度、水之间的氢键数，Cu特定距离内O或H数目随时间的变化等，都可以用来判断平衡

2 费米能级和静 ...

谢谢社长回复，那这种体系，RMSD大概在什么范围也可以当作体系平衡的判据？

作者
Author: fly1992 时间: 2022-5-10 19:54

sobereva 发表于 2022-5-10 17:51
1 体系密度、水之间的氢键数，Cu特定距离内O或H数目随时间的变化等，都可以用来判断平衡

2 费米能级和静 ...

还有，社长，我刚试了您说的两个section都填water，没有氢键存在，那是不是填element H O也是可以的？

作者
Author: wolfli369 时间: 2022-5-11 15:19

fly1992 发表于 2022-5-10 19:54
还有，社长，我刚试了您说的两个section都填water，没有氢键存在，那是不是填element H O也是可以的？

请问田院士这篇Nature Materials模拟过程中，怎么调节体系的Potential？能给解答一下吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-11 17:48

fly1992 发表于 2022-5-10 19:52
谢谢社长回复，那这种体系，RMSD大概在什么范围也可以当作体系平衡的判据？

我不知道你说的RMSD是指什么
看曲线是否在水平线上下均匀波动就完了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-11 17:49

fly1992 发表于 2022-5-10 19:54
还有，社长，我刚试了您说的两个section都填water，没有氢键存在，那是不是填element H O也是可以的？

你先在representation界面里把drawing method设成H-bond，恰当设置氢键判断阈值，看有没有显示出氢键来

作者
Author: fly1992 时间: 2022-5-16 13:33

wolfli369 发表于 2022-5-11 15:19
请问田院士这篇Nature Materials模拟过程中，怎么调节体系的Potential？能给解答一下吗？

在界面处放置不同数目的Na进行处理

作者
Author: wolfli369 时间: 2022-5-16 14:32

fly1992 发表于 2022-5-16 13:33
在界面处放置不同数目的Na进行处理

麻烦问一下，根据钠离子数目怎么计算电势呢

作者
Author: fly1992 时间: 2022-5-16 15:45

wolfli369 发表于 2022-5-16 14:32
麻烦问一下，根据钠离子数目怎么计算电势呢

PRL 119, 016801 (2017)，程俊老师这篇文章有讲

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Author: wolfli369 时间: 2022-5-16 16:34

fly1992 发表于 2022-5-16 15:45
PRL 119, 016801 (2017)，程俊老师这篇文章有讲

收到，谢谢

作者
Author: moulihui 时间: 2023-11-7 00:48

sobereva 发表于 2022-5-10 17:51
1 体系密度、水之间的氢键数，Cu特定距离内O或H数目随时间的变化等，都可以用来判断平衡

2 费米能级和静 ...

想问社长有没有计算周期性体系的金属表面上方H2O中H、O密度的脚本？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-7 06:28

moulihui 发表于 2023-11-7 00:48
想问社长有没有计算周期性体系的金属表面上方H2O中H、O密度的脚本？

可以直接用gromacs的gmx density进行统计

作者
Author: moulihui 时间: 2023-11-7 09:42

sobereva 发表于 2023-11-7 06:28
可以直接用gromacs的gmx density进行统计

非常感谢社长指点，我去找找教程

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