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标题: 盒子大小对PMF计算平衡常数logk的影响 [打印本页]

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Author: s345538842 时间: 2022-5-11 13:54
标题: 盒子大小对PMF计算平衡常数logk的影响
各位老师好，我使用gromacs结合plumed采样，计算了相同温度压力条件下，不同盒子大小（对应不同浓度），La3+ + Cl- = LaCl2+,随离子距离变化的PMF，由此通过活度系数校正，计算了络合反应平衡常数。结果显示，相同温压条件下，MD计算出来的PMF没有太大的区别（图1），但是浓度对活度的影响很大，由此计算出来的logk也有很大差别（图2）。我的疑问是如何计算只是依赖于温度压力的标准络合反应平衡常数。因为自由能差值随水分子数增加没有明显变化，那么水分子数为10^4,10^6 ····甚至是无限稀溶液中的PMF应该也差不多，是否说明不需要活度系数校正？附件是我的excel计算表，请个老师帮忙，谢谢各位老师。 (, 下载次数 Times of downloads: 23)

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下图是我的计算思路：
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