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标题: gromacs在nvt平衡时失败-提示硫酸根有问题 [打印本页]

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-5-11 16:32
标题: gromacs在nvt平衡时失败-提示硫酸根有问题
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这是作业中提示的出错原因，还有运行文件，top文件

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-11 18:07
通常是拓扑文件有问题，照着检查
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-5-11 21:22
老师，我用vmd查看了失败的trr文件，里边硫酸根的键就变得很长，超出了一般的范围，top文件中硫酸根没有二面角，因为找的参考文献里边也没二面角的参数。
下边是我的mdp文件
(, 下载次数 Times of downloads: 30)

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-11 21:31

小柏桐发表于 2022-5-11 21:22
老师，我用vmd查看了失败的trr文件，里边硫酸根的键就变得很长，超出了一般的范围，top文件中硫酸根没有二 ...

建议能用GAFF的时候，都尽量用GAFF，而不是OPLS。

这是我用sobtop得到的硫酸根的top

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作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-5-11 21:38
我是用pakmol得到初始结构，然后把硫酸根单独放一个gro文件中，用x2top产生top文件，在把别的模块合并到一个top文件中，根据文献修改top文件中的硫酸根的参数

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-11 21:42
本帖最后由牧生于 2022-5-11 22:03 编辑

小柏桐发表于 2022-5-11 21:38
我是用pakmol得到初始结构，然后把硫酸根单独放一个gro文件中，用x2top产生top文件，在把别的模块合并到一 ...

说明你根本就没看这个帖子讲的，好歹你看一下例2，只需要花几秒钟就可以得到正确的top文件，但电荷需要自己算了以后去补充

http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ8

作者
Author: 五月雨 时间: 2022-5-12 00:45

牧生发表于 2022-5-11 21:31
建议能用GAFF的时候，都尽量用GAFF，而不是OPLS。

这是我用sobtop得到的硫酸根的top

请问大佬，H2SO4和H2O应该怎么在体系中体现？是直接H2O和H2SO4还是说，是H加SO4加H2O？

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-5-12 15:45

牧生发表于 2022-5-11 21:42
说明你根本就没看这个帖子讲的，好歹你看一下例2，只需要花几秒钟就可以得到正确的top文件，但电荷需要自 ...

我看了，但是我用的不是sobtop,我用的x2top产生的top文件，因为构建的体系不是固体是液体的，用sobtop产生的top文件硫酸根的参数也是不对的。x2top产生的top文件跟sobtop产生的top文件里边的内容是一样的，后期都需要根据参考文献里边的参数进行修改

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-12 18:19

小柏桐发表于 2022-5-12 15:45
我看了，但是我用的不是sobtop,我用的x2top产生的top文件，因为构建的体系不是固体是液体的，用sobtop产 ...

我已经给你说了最正确的方法，连绝对正确的top文件都帮你弄了，你只需要把硫酸根的pdb放入盒子，include这个正确的itp就可以了。

常见物质的操作都可以在 http://sobereva.com/soft/Sobtop/找到原型例子，你所需要做的，仅仅是改变一下自己画的结构式，然后参照和自己画的结构同类型的例子，按几下键盘就可以了，sobtop根本不给你动脑的机会。

饭都喂到嘴边了。

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-5-13 10:33

牧生发表于 2022-5-12 18:19
我已经给你说了最正确的方法，连绝对正确的top文件都帮你弄了，你只需要把硫酸根的pdb放入盒子，include ...

我按你的itp文件早就试过了，还是崩溃，我算的不仅仅是单独的硫酸根，我算的体系是石墨烯纳米管加上硫酸钙，不只是单纯的硫酸根离子，如果只是单纯的硫酸根离子，我自己生成的硫酸根top 文件也能计算，不过也谢谢你解答。昨天我问我导师了，已经解决了，谢谢

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-5-13 10:38

牧生发表于 2022-5-12 18:19
我已经给你说了最正确的方法，连绝对正确的top文件都帮你弄了，你只需要把硫酸根的pdb放入盒子，include ...

还有，你也是没看我发的问题里边的图片吧？我生成的top文件跟你发的itp文件难道不是一样的吗？而且你里边生成的参数我根本不能用，

作者
Author: LiuSX 时间: 2022-11-4 13:06

小柏桐发表于 2022-5-13 10:33
我按你的itp文件早就试过了，还是崩溃，我算的不仅仅是单独的硫酸根，我算的体系是石墨烯纳米管加上硫酸 ...

你好，我想问一下是怎么解决的？我想模拟高浓度硫酸锌水溶液，但是现有的一般力场参数的表现的很差。

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-11-9 20:03

LiuSX 发表于 2022-11-4 13:06
你好，我想问一下是怎么解决的？我想模拟高浓度硫酸锌水溶液，但是现有的一般力场参数的表现的很差。

查相关文献，找参数

作者
Author: wangxiaofang 时间: 2023-10-14 15:35

小柏桐发表于 2022-5-11 21:22
老师，我用vmd查看了失败的trr文件，里边硫酸根的键就变得很长，超出了一般的范围，top文件中硫酸根没有二 ...

你好，请问你是找的哪篇参考文献呀，我一直没找到SO42-的键和键角参数

作者
Author: 秋白纳 时间: 2023-12-7 17:29

五月雨发表于 2022-5-12 00:45
请问大佬，H2SO4和H2O应该怎么在体系中体现？是直接H2O和H2SO4还是说，是H加SO4加H2O？

那你最后是怎么加的呀？

作者
Author: 五月雨 时间: 2023-12-8 17:49

秋白纳发表于 2023-12-7 17:29
那你最后是怎么加的呀？

一个SO42-加两个H3O+，这两个单体的力场参数我是通过sobtop基于GAFF力场生成的

作者
Author: qiaoy 时间: 2024-11-11 14:13

小柏桐发表于 2022-11-9 20:03
查相关文献，找参数

能发一下硫酸根的itp文件吗，我没找到相关文献，谢谢您

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