计算化学公社

标题: 请教使用Sobtop创建Fe3+与转铁蛋白复合物的拓扑文件过程中的问题 [打印本页]

作者
Author: Eva_Winter 时间: 2022-5-11 17:43
标题: 请教使用Sobtop创建Fe3+与转铁蛋白复合物的拓扑文件过程中的问题
本帖最后由 Eva_Winter 于 2022-5-13 10:26 编辑

经查文献以及PDB文件知，Fe3+与转铁蛋白结合主要依靠Fe3+与2个TYR（去质子化），1个ASP（去质子化），1个HIS（去质子化）以及一个碳酸根离子之间形成的共价键作用，如图1所示：

我进行了以下操作：1）GaussView打开VMD保存出来的上图粗略结构，删除除了alpha碳以外的蛋白质骨架原子，对alpha C进行了甲基封装，只保留重要的侧链（图2）。（这里我是想先算下小体系试试，实际我打算对氨基酸进行甲胺封装，才能获得完整的去质子化的TYR等的拓扑结构，进一步做MD）2）Gaussian进行优化和振动分析，其中对alpha C进行了固定。3）计算RESP电荷。
在生成拓扑文件之前，我有以下问题想请教大家：
1）我对体系进行了Wiberg键级分析，得到的Fe3+相关的键级排序结果如图3，蓝色框里除了红色外的6个符合文献中说的存在共价关系，这些数值也比较大，但是红色那个Fe3+与C(25)之间的数值也相对较大。是我计算出错了吗？另外其他数值达到0.19，0.20的键联关系需要考虑吗？我保存mol2文件的时候应该怎们手动连接键呢？是按照文献中说的连6个，还是按照我自己实际计算的？

2）计算RESP电荷应该怎么设置电荷约束关系呢？什么约束都不设置的话Fe3+的电荷才只有0.23。我尝试了对Fe3+电荷设置约束为3，对每个氨基酸总电荷都约束为-1，得到图4的结果（按照Sob老师推荐的方法RESP电荷替换.out里面的Mullikin电荷进行显示），这样约束电荷对吗？还是只约束Fe3+或者只约束氨基酸？

------------电荷约束-------------------

13-20,44-49,51 -1
5-12,38-43,50 -1
21-26,34-37,52 -1
1-4,32-33,53 -1
31 3

-------------------------------
应sob老师提醒，已将gjf文件添加为附件

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-12 21:23
gjf文件是错的，Fe都没指定赝势，之后的分析讨论全都没意义
仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

gjf文件不要直接贴内容，应当作为附件上传，否则实际空行数目都可能乱掉

作者
Author: Eva_Winter 时间: 2022-5-13 09:21

sobereva 发表于 2022-5-12 21:23
gjf文件是错的，Fe都没指定赝势，之后的分析讨论全都没意义
仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组 ...

收到，感谢sob老师。好的，我修改gjf重新算。

另外老师，在后续计算RESP电荷的时候需要对Fe3+和各个氨基酸残基施加电荷约束吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-14 11:16

Eva_Winter 发表于 2022-5-13 09:21
收到，感谢sob老师。好的，我修改gjf重新算。

另外老师，在后续计算RESP电荷的时候需要对Fe3+和各个氨 ...

如果是为了确保原子电荷的可移植性，可以做约束，使得当前模型体系里每个残基的侧链的净电荷和原本蛋白质力场里相应残基侧链的净电荷一致

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)