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标题: 季铵与氢氧根的SN2反应中，氢氧根应当怎样设置显式溶剂模型？ [打印本页]

作者
Author: StormSpirts 时间: 2022-5-11 18:13
标题: 季铵与氢氧根的SN2反应中，氢氧根应当怎样设置显式溶剂模型？
本帖最后由 StormSpirts 于 2022-5-11 18:16 编辑

大家好，如图是我的体系。
这个反应在没有加显式水模型时，氢氧根甚至会和甲基上的氢反应，所以溶剂模型对这个反应非常重要。

我的疑惑是：

1. 应当只使用显式水模型，还是应同时考虑显式和隐式水模型？

2. 关于氢氧根与水的团簇，文献中有水分子数 n = 1-3 的多种结构，该如何选择呢？是不是只要能说明问题，任意一种都是合理的？

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作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-11 18:21
1 同时考虑。尤其是显式溶剂越少，对溶质包裹越不充分，带上隐式溶剂模型的意义越高。本身带上隐式溶剂模型对耗时增加也不多，没理由不带上。而且氢氧根又是带负电的体系，更应该带上。

2 至少带一个。有余力的话可以再尝试多带一个，看看过渡态结构、势垒等产生的影响，确定必要性

作者
Author: StormSpirts 时间: 2022-5-11 18:25

sobereva 发表于 2022-5-11 18:21
1 同时考虑。尤其是显式溶剂越少，对溶质包裹越不充分，带上隐式溶剂模型的意义越高。本身带上隐式溶剂模型 ...

非常感谢卢老师！

作者
Author: StormSpirts 时间: 2022-10-26 20:55
本帖最后由 StormSpirts 于 2022-10-26 20:58 编辑

sobereva 发表于 2022-5-11 18:21
1 同时考虑。尤其是显式溶剂越少，对溶质包裹越不充分，带上隐式溶剂模型的意义越高。本身带上隐式溶剂模型 ...

卢老师好，我还有个疑问想确定一下。

如果带上显式溶剂计算了TS，那么计算自由能垒时，自由能的各项也都要带上显式溶剂计算对么？也就是要把带水的离子团簇当成一种反应物。这样做是不是最严谨的？如:
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感谢卢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-27 05:12

StormSpirts 发表于 2022-10-26 20:55
卢老师好，我还有个疑问想确定一下。

如果带上显式溶剂计算了TS，那么计算自由能垒时，自由能的各项也 ...

是
不过有必要的时候，DMP+也需要考虑显式溶剂

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