计算化学公社

标题: 求助：VMD计算RDF出错 [打印本页]

作者
Author: 小congcong 时间: 2022-5-11 19:18
标题: 求助：VMD计算RDF出错
本帖最后由小congcong 于 2022-5-12 22:28 编辑

各位社友大家好，我用CP2K跑了一个AIMD,具体就是在MOF盒子里放进去15个分子，跑了平衡后我将轨迹文件导入VMD，想计算一下MOF骨架中的F原子与氢气分子的RDF图，轨迹文件中氢气分子的序号为209到238，我用index 209 to 238去定义的，F原子则用 name F定义，可是最后画出来的RDF图明显是错误，请问是什么原因大农值得应该怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-11 20:06
说清楚AIMD用什么程序跑的，最好给体系截图。如果是周期性体系，把盒子边框也画出来

Use molecule显然不能是(none)

Graphics - representation里通过把selected atoms设成name F和index 209 to 238，检查是否都能分别绘制出来想要的原子确认选择语句无误

作者
Author: 小congcong 时间: 2022-5-12 22:18

sobereva 发表于 2022-5-11 20:06
说清楚AIMD用什么程序跑的，最好给体系截图。如果是周期性体系，把盒子边框也画出来

Use molecule显然不 ...

老师，用CP2K跑的，我取第10000帧用VMD打开，显示的是氢气分跑了10个到盒子外面，盒子里只剩5个，或许这就是RDF不正确的呃原因吧

作者
Author: 小congcong 时间: 2022-5-12 22:28

sobereva 发表于 2022-5-11 20:06
说清楚AIMD用什么程序跑的，最好给体系截图。如果是周期性体系，把盒子边框也画出来

Use molecule显然不 ...

老师，我把体系图片放上去了，还有一个问题就是，我的体系是一个MOF 的单胞，从CCDC数据库下载的，做了几何优化后，用MS 打开是非常对称和完整的，可是用VMD打开，就变得“残缺”，就是有一些原子到下一周期里了，我尝试在MS 里把display style 中的 default改为original也变得和VMD一样“残缺”了，不知道为什么会这样呢，该怎么解决呢老师，用VMD打开的那个“残缺”的结构实在是太丑陋了。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-14 11:14

小congcong 发表于 2022-5-12 22:28
老师，我把体系图片放上去了，还有一个问题就是，我的体系是一个MOF 的单胞，从CCDC数据库下载的，做了几 ...

VMD命令行窗口运行pbc wrap -all

作者
Author: 小congcong 时间: 2022-5-18 09:38

sobereva 发表于 2022-5-14 11:14
VMD命令行窗口运行pbc wrap -all

好的，非常感谢老师。

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