计算化学公社

标题: 求助如何计算离子液体体系的阴阳离子间的相互作用？ [打印本页]

作者
Author: yee 时间: 2022-5-11 19:44
标题: 求助如何计算离子液体体系的阴阳离子间的相互作用？
大家好，我想计算bmim+和scn-离子液体体系的相互作用能，我看教程是需要单独一个分子进行rerun的，但是我做的时候gromacs提示warning只有阳离子的体系电荷不为0无法计算，请问如何解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-11 20:03
rerun的时候把阳离子和阴离子部分定义为两个能量组，然后从edr提取相互作用能就完了。根本用不着只保留阳离子部分

作者
Author: yee 时间: 2022-5-11 20:16

sobereva 发表于 2022-5-11 20:03
rerun的时候把阳离子和阴离子部分定义为两个能量组，然后从edr提取相互作用能就完了。根本用不着只保留阳离 ...

请问如何定义为两个能量组？我在rerun的时候加上索引文件，好像无法选择

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-11 20:18

yee 发表于 2022-5-11 20:16
请问如何定义为两个能量组？我在rerun的时候加上索引文件，好像无法选择

mdp的energygrps =后面写上两个组的组名

作者
Author: yee 时间: 2022-5-11 20:41

sobereva 发表于 2022-5-11 20:18
mdp的energygrps =后面写上两个组的组名

谢谢老师指导，现在可以分组计算了。
但是现在分组之后计算的库仑和范德华作用能只有LJ-SR和LJ-14（coul-SR和coul-14)两种能量类型选项了，而且14项的两种能量都为0。
相互作用能好像需要综合LJ-SR和disper.-corr以及coulomb-(SR)和Coul.-recip进行计算，我知道范德华能是以短程力为主的，但是库仑力是以长程力为主的，请问只有SR的能量进行计算的相互作用能准确吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-11 21:09

yee 发表于 2022-5-11 20:41
谢谢老师指导，现在可以分组计算了。
但是现在分组之后计算的库仑和范德华作用能只有LJ-SR和LJ-14（coul ...

甭管disper.-corr

静电作用显然要考虑

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里相关ppt，注意里面说的

(, 下载次数 Times of downloads: 18)

(, 下载次数 Times of downloads: 25)

作者
Author: yee 时间: 2022-5-11 21:22

sobereva 发表于 2022-5-11 21:09
甭管disper.-corr

静电作用显然要考虑

感谢老师耐心解答，希望培训班能顺利开展，我也想参加

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